福建省运输管理局，成立于 2000年8月，在原省交通厅运输管理局（厅内局）的基础上组建成立，为
省交通运输厅直属具有行政管理职能的正处级机构。2007年10月，经省政府同意，省运输管理局参照公务员管理。根据《
中华人民共和国道路运输条例》（国务院令第406号）授权，同时受
福建省交通运输厅委托，依照有关法律法规，负责具体实施全省道路客货运输、运输场站、机动车维修和驾驶员培训、城市客运、出租汽车、城市地铁和轨道交通运营、汽车租赁等管理工作。
目前，内设14个处室，分别为：办公室、政策法规处、运输经济运行处(运输规划处)、旅客运输管理处、货物运输与物流管理处、运输站(场)管理处、
城市公共交通运输管理处、车辆管理处、培训管理处、运输安全监督处、科教信息处、政治处(人事处)、财务处、监察审计处。
负责组织、协调、督促相关处室做好运政服务工作，督促落实重大事项的落实；负责机关文电、机要、档案、保密、信访、应急、政务公开、新闻宣传、通讯、总务、内保、住房公积金、资产管理、后勤行政管理和内部规章制度建设等工作；负责全省运输管理基层所站建设补助计划的制定和实施。
负责相关法律、法规、规章的宣传贯彻工作；参与拟订地方性立法计划，牵头草拟地方性法规、规章草案；负责指导、监督、规范全省运政管理工作；受理和协调人民群众投诉；负责全省道路运输行业管理政策研究、政策把关、队伍建设及体制的研究；负责道路运输职业资格管理等工作。
负责全省道路运输以及道路运输相关业务、城市客运行业有关统计、经济运行分析和信息发布工作，提出促进运输经济发展的建议、措施；参与拟订全省交通运输行业发展规划；参与编制道路运输、城市客运、交通物流业发展等相关专项规划。
负责全省
道路旅客运输行业管理、指导和监督工作；负责从事国际、省际、市际行政区域客运经营及客运班线、旅游客运、包车客运的行政许可；负责制订全省道路旅客运输的行业政策、管理制度、技术标准、经营行为规范和服务质量标准并组织实施和监督；贯彻执行国家和省有关法规、规章、行业政策，准入制度、技术标准和运营规范并监督实施。
负责组织制定全省
道路货物运输管理工作规范，指导、监督全省道路普通货物、
危险货物运输行业管理工作；负责道路货物运输市场的监管；组织开展道路货物运输和交通物流的市场调查研究，提出全省道路货物运输和交通物流业发展规划，按规定承担物流市场有关管理工作；负责协调组织战备、应急、抢险救灾物资运输工作；负责放射性物品道路运输管理工作。
具体指导全省城市公共汽电车、轨道交通运输、出租汽车、汽车租赁行业管理工作；负责贯彻执行国家有关城市客运的法律法规、规章制度、政策标准和运营规范并监督实施；制定全省城市客运的行业政策、管理制度、技术及服务标准、运营规范并组织实施；负责指导全省城市客运运营秩序、服务质量、经营行为的监督检查；负责全省城市客运站（场）规划建设和运营的行业管理、指导工作；负责全省城市客运从业人员的管理工作；参与编制城市公共汽电车、轨道交通运输发展规划；参与拟订全省出租汽车、汽车租赁行业发展规划；参与城乡公交一体化、与其他运输方式有效衔接的政策研究、制定并组织实施；协助做好城市客运突发事件的处置和应急预案的实施；参与全省城市公共汽电车、出租汽车燃油价格改革财政补贴等工作。