福棠儿童医学发展研究中心的前身为
北京儿童医院集团。北京儿童医院集团自2013年5月成立以来，吸引了全国各级儿科同道的关注，建立起以65家省市级成员单位为核心，覆盖全国3000余家基层医疗机构的儿科分级诊疗网络体系。
2016年4月，北京儿童医院集团向中华人民共和国民政部提交成立民办非企业单位--福棠儿童医学发展研究中心的申请，2016年8月23日正式获批，成为全国首家从事儿童医学发展研究的非营利性社会服务活动组织，并接受民政部的监督管理，自此北京儿童医院集团翻开新的发展篇章。
根据2016年8月23日《民政部关于福棠儿童医学发展研究中心成立登记的批复》（民函〔2016〕237号）准予福棠儿童医学发展研究中心成立登记，该研究中心性质为民办非企业，研究中心的业务主管单位为民政部。