福建省福清第三中学是福清市公立中学，学校起源于清代光绪十八年即1892年，前身为牧师方鲍参创建的福清培元书院。学校曾先后易名为融美中学堂、私立融美初级中学。1952年11月28日人民政府接办学校，又历经福清第二初级中学、福清第三中学、福清龙田中学的传承演变，1986年5月定名为福清第三中学。

福清第三中学就坐落于福清龙田镇。

光绪二十一年即1895年，牧师余修意在海口教堂与美国传教士李承恩报美以美会福州年议会备案，在牛田即龙田借用“美会堂”分设培元书院（培元斋），翌年，福清培元书院撤消，合并于龙田培元书院。

光绪二十五年即1899年，美国传教士蔚利高（后曾代理半年院长）为巩固这所教会学校，捐助资金使培元书院继续设办。

福清第三中学的前身创建于清代光绪十八年即1892年，系牧师方鲍参根据光绪十七年（1891年）基督教（新教）美以美会福州年议会的决定而创建的一所教会学校。名为福清培元书院，隶属于福州美以美会教育部。是福清县一所西式中等学校。

光绪三十三年（1907年）学校更名为融美中学堂，于宣统元年（1909年）建成“Carolyn Johnson Memorlol”（柯琳·约翰逊纪念堂）。

融美中学堂于民国十三年（1924年）更名为融美初级中学，薛永香任校长，民国十八年（1929年）学校向福建省教育厅申报立案。

福建省教育厅于民国二十八年（1939年）限令福州各中等学校内迁。于是该校迁往福清东张镇香山村，附属小学则迁往龙田镇积库村。民国二十九年（1940年）初夏迁还龙田。

民国三十年三月廿四日（1941年4月20日）福清县城沦陷。同年9月，该校与平潭岚华、古田超古、毓馨、闽清天儒、毓真、福州正德、毓英等初中合设“私立卫理联合初级中学”。由杨昌栋任校长，曾焕枢任副校长。附小则与毓德小学合并为融美毓德联合小学。

民国三十一年（1942年）秋福建省基督教教育委员会南平会议决定由顺昌迁回龙田本址复学。

1951年3月，学校向闽侯专署办理了“接受外资津贴学校”登记手续。

1952年11月4日，闽侯专署接办私立融美初级中学，改名为福建省福清第二初级中学。

1952年11月28日，闽侯专署正式接办，直属闽侯专署管理。

1950年冬，学校成立中国新民主主义青年团小组和中国教育工会小组。

1951年2月，成立了校务委员会；

1954年9月，建立了中国共产党福清第二初级中学小组

1955年7月1日，闽侯专署将该校改名为福清第三中学。

1956年春，中共福清第三中学支部委员会建立。同年9月，增办高中部。

1962年11月28日，学校举行了七十周年校庆活动；教育部副部长叶圣陶先生为该校题写了“福建省福清第三中学”校名，并转赠郭沫若题词“教育乃人生第一乐事”。

1966年6月5日，福清三中“四清”运动结束。原驻校“社教工作队”改为“文化大革命工作队”。“文化大革命”开始。

1969年9月，学校被改名为福清龙田中学，随后成立了龙田中学革命委员会。

1978年6月15日，福清县革委会批准该校为县重点中学。

1978年12月中共福清县委研究决定批准该校为福清县重点中学

1982年6月20日，该校成立了九十周年校庆筹备委员会。

1986年5月16日，该校恢复校名为福清第三中学。

1991年10月确定校名为福建省福清第三中学。

1992年11月28日举行100周年校庆活动。

1994年筹办福清私立融美初级中学

1996年7月与福清三中福州校友会联办；同年12月，福州市教委批复同意创办福清私立融美中学。

学校以“求实、创新、团结、进取”为校训。校长施祖振先后获得福建省庄重文优秀校长奖和全国优秀教师称号。学校荣膺福建省第五届、第六届文明学校的称号。1992年10月中国国际广播出版社出版了该校第一部校志，1995年11月成立了福清三中离退休教工管理委员会。1989年5月，该校参加福建省普通中学办学水平评估。1991年3月，经福建省教育委员会审批予以注册登记。1991年9月24日，福建省教育委员会进行定级达标复查验收。1991年10月5日，福建省教育委员会正式确认该校为“福建省普通中学三级达标学校”。1996年6月，学校又晋升为“福建省普通中学二级达标学校”。

1999年12月，学校六届三次教代会审议通过了《1999～20002年学校发展规划》，提出了“依法治校，科研兴教，民主办学，廉俭持校”的办学思路，随后学校提出了“建设优良校风、优秀师资、优美校园、优越装备，深化优质管理，再创优异业绩”的办学策略。 2001年2月顺利通过福建省“二级达标”中学复查验收；9月实行初、高中分设办学，《福建省福清第三中学110年》画册、《福建省福清第三中学师生名录》和《福建省福清第三中学大事记》出版。学校被推荐为福建省第八届“文明学校”，学校被批准为全国教育科学“十五”规划重点课题《综合实践活动及其师资建设》实验学校，全国教育科学“十五”规划“整体构建学校德育体系的深化研究与推广实验”国家重点课题实验学校，福州市现代教育技术实验学校。11月30日，学校举行110周年校庆活动。

教师与学生教学相长，师生与学校和谐发展

居心当如止水，求学譬诸为山。

校标整体图案呈圆形，由三个同心圆组成，意寓三中师生同心同德，同舟共济。外环上半部分为著名教育家、文学家叶圣陶先生手书的中文名称“福建省福清第三中学”，外环下半部分为黑体英文名称“FUJIAN FUQING NO.3 MIDDLE SCHOOL”，二者均为红色阳文。主题图案下方的“1892”表明学校前身培元书院始建于1892年，历史源远流长。主题图案呈白色镂空，中上部为“三中”二字的变形，像扬帆起航的帆船，形态端正而充满张力；下部为标有经纬线的局部地球；主体图案辅以宛如旭日初升的红色圆形背景，勾勒出雄浑壮美的行船图，具有“风正一帆悬”的气势，寄寓三中人高瞻远瞩、努力拼搏、积极进取的精神风貌。

主体图案中上部的左侧由三本叠加的书演化而来，它既表明学校是学子读书求知的家园；又赋予“三人行，必有我师焉”的内涵。教师与学生相互依存，和谐相处，构成了学校教与学的主体。主体图案中上部的右侧由一支钢笔和形似帆船或弦月的图案组成，可做多元解读。钢笔、帆船组合象征学子凝神聚力，扬帆起航，驶向美好未来；钢笔、弦月组合说明学子书写精彩人生，其成就、业绩可与日月同辉。二者貌离神合，异构同工，都预示着三中学子远大的前程。

校标的颜色以红色为主色调，红色是中华民族的吉祥、幸福的象征，寄托着学校对每一位学子的祝福，同时也意味着热情与活力，体现了学校生机勃勃的气象、方兴未艾的发展盛况。

学校现有省级学会理事（委员）3名，福建省骨干教师3名，福州市名师工作室成员1名，福州市骨干教师7名，福清市首届名师3名（福清市所有中学仅有7名）；高级教师39名，中级教师49名，具有研究生学历的教师5名。

现校园面积为69963平方米，校舍建筑面积37485.5平方米，绿地面积27023.6平方米。建有图书馆、学生实验楼、400米标准运动场，标准生物园和地理园。学校拥有完善的多媒体教学系统，网络接入点覆盖全校，班级配有多媒体教学设备，建有校课件资源平台，初步建立了数字化校园。学校拥有设备齐全的学生食堂膳厅，学生公寓楼，宿舍热水系统。

学校校友中有高由禧、曾融生、张钹3 位中国科学院院士，翁独健、陈元晖、方爱琼等知名学者、科学家程序、曹德淦、王钦敏、薛国强等省部级领导干部以及韩国龙等企业家。

1991年10月成为全省第三所农村达标学校，1996年6月晋升为省二级达标重点中学，1998年、2002年通过了二级达标复检，并于2014年5月通过省一级达标校检查，晋升为省一级达标重点中学。1996年、1998年、2002年、2008年荣膺福建省第五届、第六届、第八届、第十届“文明学校”光荣称号，学校还是福建省先进教工之家、福州市素质教育先进单位、福州市绿色学校、福州市学校安全工作先进单位和福清市首届“书香校园”。2018年5月28日，入选“福建省首届文明校园”候选名单。

2021年12月，被福建省教育厅认定为“第一批省级平安校园”。