私立齐鲁大学即山东基督教共合大学（1904年由潍县广文学堂、青州共和神道学堂和济南共合医道学堂合并而成）。
北京协和医院三班学生、汉口大同医校、
金陵大学医科分别于1916年和1917年相继并入。1917年潍县广文学堂、青州共合神道学堂迁济南南关新建门外，结束了三地办学的局面，正式向中国政府备案，改校名为齐鲁大学，英文校名仍为Shantong ChristianUniversity。
当时广文学堂设文理学院，分文理科、
预科、师范科、选科及研究班，有学生108人；青州共合神道学堂改为神学院，学生118人；济南共合医道学堂改为医学院，学生51人。9月正式开学，共有学生303人， 教职员53人，其中外籍教职员36人，校长布鲁斯，文理学院院长戴维斯，神学院院长勃特，医学院院长尼尔，总务长赤赛特。外国教会控制学校一切教育行政、财政大权，学校经费由英、美、加三国10个教会支付（这10个教会是英国浸礼会、长老会、圣公会、伦敦会、循道会，美国北部长老会、南部长老会、公理会、信义会，加拿大长老会）。1923年，北平华北女医学校合并入
齐鲁大学医学院。
1926年—1927年间，
中华基督教会迫于形势，作出“注意教授国文”、“将学校逐渐交还中国人管理”和中西教职员享受平等待遇的决议，齐鲁大学也发生了变化，由李天禄出任第一任华籍校长。1929年10月，齐鲁大学发生要求收回教育主权的学潮，李天禄辞职，美籍教务长施尔德协理校务。不久，学潮再起。经过反复斗争，最终达成协议： 组成文、理、医三院各3人的校务委员会，华籍委员占三分之二以上，掌管学校一切事务； 神学院脱离齐鲁大学，成立齐鲁神学院。次年1月，在校职工罢工，学生罢课。 6月校方决定由
南京国民政府教育部次长朱经农任校长。神学院自7月1日脱离齐鲁大学，改名齐鲁神学院，宗教课改为选修课；学校迅速筹办向
南京国民政府立案，风潮始平。
1931年11月经教育部派员视察，12月17日核准立案。立案后齐鲁大学校董会定额15人， 由特约校董4人、教会股东8人（外籍5人，华籍3人）和毕业校友会3人组成。立案后第一位董事长是孔祥熙， 副董事长是校友会的吴克明。1932年9月，朱经农辞职后，由林济青继任校长兼文、理两学院院长，医学院长由美国人施尔德担任。
齐鲁大学医学院及附属医院设在济南南关新建门内，文理学院在新建门外，有办公楼、 柏根化学楼、狄考文物理楼、奥古士丁图书馆，各种建筑总值200余万元。另设有社会教育科，分设陈列部、讲堂，主要从事大众教育。附属医院门类齐全，有病床125张，还附设护士学校1所。
1937年10月，齐鲁大学奉部令内迁成都，借
华西协和大学部分校舍开课，文理医三学院逐渐复课。1941年理学院药剂专修科扩充为制药系；文学院增设国文研究所；理学院、医学院合办寄生虫研究所，1942年呈准招收研究生。1937年—1945年历任校长分别为刘世传、 汤吉禾、马尔济、吴克明，历任教务长为汤吉禾、 弥尔兰。共毕业8届321人，其中文科143人，理科55人，医科119人，无线电专修科2人，研究生2人。
1946年8月，齐鲁大学陆续返济复校。10月1日正式复课，至次年2月复员完毕。4月成立罗氏医学会， 9月增设护士科、药学科、医事检验专修科、助理护士训练班；历史系、社会系合成历史社会系；天算系分成天文系、数学系；恢复无线电专修科。为文理医三院11系建制。 学制文理本科4年，医科预科2年，本科5年。校长吴克明，下设3处， 教务处分设注册、出版两组，训导处分设生活指导、体育卫生两组，总务处分设文书、校务两组，教务长弥尔三，文学院长汪德亮、医学院长杜儒德。1947年上半年在校生442人。
建国初期校长为杨德斋， 医学院长张汇泉。1952年9月，根据华东高等学校调整方案，撤销齐鲁大学，理科及文科部分人员并入
山东师范学院，部分文科人员并入山东大学，医科部分人员并入山东医学院。
在中国共产党领导的山东解放区， 高等教育事业也有一定发展。1945年10月筹办了设在临沂的
山东大学。 1946年4月
华中建设大学从苏皖迁到山东，并入临沂的山东大学。合并后，肄业学员达到2000人，设置政治、财政、教育、工矿、医学、农村、交通、 文学等8系。1946年11月25日，华东局在鲁中创办华东军政大学，设置军事、政治、 文艺3系，并于1948年4月开办大学预科。1948年8月，在潍坊成立华东大学，同时同地开办华东第二高级工业学校，筹设机械工程、土木工程、电机、地质、化学、染织等专科。此外，华东局在新四军军医学校基础上创设
华东白求恩医学院。中国共产党领导的山东省政府还兴办了山东农业专科学校。据1949年统计，山东解放区已拥有包括文、 理、工、农、医、师范在内的各种类型的大专院校6所。建国后，这些高等院校的师生，成为接管、改造旧大学，建设新大学的骨干力量。