《种痘心法要旨》是清代吴谦（字六吉）编著的一部儿科类中医著作，一卷，约成书于清乾隆七年（1742）。

系《医宗金鉴》卷六十内容。列种痘要旨、选苗、蓄苗、天时、择吉、调摄、禁忌、可种、不可种、水苗种法、五脏传送之理、旱苗种法、痘衣种法、痘浆种法、信苗、补种、自出、治法等，凡十八篇。本书专论鼻苗种痘法，谓种痘施于未病之先，调于无病之日，为去险履平、避危就安之良法。

现存清乾隆四十六年（1781）刻本，并见于《医宗金鉴》。