秦瓒在
西南联大讲授“高级财政学”和“中国财政史”，他不乐意上课时，一学期上不了几小时，如果认真起来，一学年不会少一分钟，而且上课一定先于同学而到。考试时，他必然坐在教室，手捧报纸，唯恐前面同学吃亏。
1937年7月7日
卢沟桥事变发生后，国立
北京大学、
国立清华大学和
私立南开大学先迁到湖南长沙，组成“长沙临时联合大学”，不久之后，上海、南京相继陷落，长沙形势严峻。1938年1月20日，长沙临时联合大学宣布迁往云南，数百名师生经过两个多月的艰苦跋涉，于4月26日抵达昆明，设理工学院于昆明，文法学院于滇南蒙自，改名为“
西南联合大学”，并于5月4日正式上课。同年冬，增设了师范学院。一学年后，在蒙自的文法学院迁回昆明。设立了文、理、
法商、工、师范5个院26个系，两个专修科和一个选修班。直到
抗日战争胜利后，1946年5月4日“西南联大”时期结束，三校才分别迁回平津复校。 北大、清华、南开为当时中国乃至世界著名的高等学府，有各自独特的经历和教学作风。组成联大以后，汇集了一大批全国著名专家、学者、教授，更显师资充实，人才济济。他们在极其艰苦的条件下，坚持严谨的治学态度，树立优良学风，成为当时中国规模最大的著名高等学府。办学的8年中，先后有8000学生入学，毕业学生3807人，许多后来成为蜚声中外的大家。 那么，长沙临时联合大学再次南迁时，为什么没有迁到中国南方其他城市，而独独迁来偏远的云南昆明呢？这之中，力主迁往昆明的秦瓒，是做了许多工作的，可以说功不可没。
秦瓒是当时著名的教授和经济学家。因其父秦树声曾在云南先后任曲靖知府、曲靖道尹、腾越(即今腾冲)道尹和云南学台等，所以他的少年时代随父在云南度过，后赴
美国哥伦比亚大学求学。1926年回国后任教于
国立北京大学，为教授、经济学系主任。他在参加“长沙联合大学”中、高层领导的数次南迁问题讨论时，根据自己从小对云南留下的好印象，大力推介云南，指出云南的自然人文环境之优良以及在抗战中的地位之优越，并向三校校长表明，其父当过清末云南学台（统管云南教育的最高行政长官），政界和教育界都有不少熟人，如果临时联合大学南迁到云南昆明，会得到各方面的热情欢迎和大力帮助，大家最终被他说服。迁往云南的方案确定后，他又自告奋勇，亲率先遣队日夜兼程、历尽艰辛地从长沙赶到昆明。通过拜会和走访，得到云南省主席龙云和云南官绅及社会贤达的全力支持。云南省政府安排当时的省教育厅厅长龚自知全力配合，协助他选校址，迅速盖起一些简易草棚作为临时校舍，此外还向省立云南大学（1938年7月1日改为国立）借用了部分校园来充当学生服务部和医务室。
西南联大成立后，他同时执教于联大和云大，用流利的英文（兼有中文）讲授经济学和财政学，深受两校师生的称道。