空军军医大学校徽于2021年8月23日启用，沿用老校徽设计元素，继承了老校徽在我校广大教职员工心目中的历史延续性，保留了老校徽在人们心目中的亲和力及视觉情感性。

校徽左上沿图案寓意钢铁长城、口腔及我校所处的地理位置西安古城。右下角图案为橄榄枝，橄榄枝在人民军队中代表和平。中间红色飘带代表党旗、国旗、军旗，寓意永远跟党走、报效祖国、强军奉献。飘带左下角有数字“1941”，展示我校的建校时间。中间蓝色飘带代表空军蓝，寓意我校隶属于空军军种。右下角“AFMU”是空军军医大学的英文缩写。图案中间正上方是“毛体”书写的空军军医大学。图案中间为医学标志“蛇杖”，蛇杖上方是“八一”军徽，寓意我校属于军事院校。蛇杖上方为空军军种“翅膀”的标志，寓意我校属于空军军医。