研究方向包括化学物与辐射的细胞与分子毒性机制、生物节律与时间毒理学等，先后获得7项国家自然科学基金的资助，其中在辐射致癌效应分子机制方向上获得4项国家自然科学基金。研究成果获省部级科技进步奖二等奖2项，三等奖4项。在国内外专业期刊发表学术论文400余篇，其中SCI期刊论文100余篇，申请国家专利10余项，主编和参编毒理学专著8部。主要社会兼职包括中国中西医结合学会时间生物医学专业委员会主任委员、国家原子能机构专家组成员、中国毒理学会和中国核学会理事等。担任Toxicology Letters,International Journal of Radiation Biology，Journal of Toxicology and Environmental Health，《
毒理学杂志》等10多种国内外期刊的编委、常务编委或副主编。
1977年，在那个人人求知若渴，只想把失去青春夺回来的时代，他从不同年龄、不同身份的考生中走了出来；1993年，在他人都在想方设法，急着迈出国门的时候，他从待遇优渥的美国风尘仆仆地赶了回来。深耕医学领域30余载，童建说：“我走了一条平凡的路，一条简单的路。”