第三军医大学军事预防医学院成立于1978年，原名为“卫生防疫系”，1992年更名为“预防医学系”。2003年经学校批准，更名为“军事预防医学院”。作为“以质量取胜，以特色取胜”的办校思想发源地，30年来学院历届党委始终牢固树立以学科人才建设为主线，以军事斗争卫勤准备为牵引，励精图治、奋发图强，在政治思想工作、学科建设、人才培养、教学科研、行政后勤管理等方面取得了辉煌的成就。

在学科建设方面，军事预防医学院已发展成为集军事医学和预防医学专业特色和学术优势为一体的军事预防医学的学科体系，在军内外享有广泛盛誉。军事预防医学被批准为国家重点学科、军队“2110”重点建设学科和总后优秀人才科研工作站，复合伤实验室被评为国家重点实验室和军队“重中之重”重点实验室，高功率微波生物效应与医学防护研究实验室被评为全军重点专业实验室和教育部重点实验室，卫生毒理学被评为国家重点（培育）学科，营养与食品卫生学实验室和环境卫生学实验室被评为重庆市重点实验室，公共卫生与预防医学学科被批准为博士学位授权一级学科和博士后流动站。

在人才建设方面，全院具有高级职称的干部有42人，占在编干部的43%，具有博士学历的占在编科技干部的36%。博士生导师11人，硕士生导师20人，涌现出了以程天民院士、罗成基、粟永萍、余争平、曹佳、糜漫天等教授为代表的一大批军事预防医学领军人才。迄今已招收博士后25名、博士生150余名、硕士生300余名，招收本科生、大专生2400余名，为部队培训卫生防疫干部2000余名。

在教育训练方面，学院已建立了从预防医学专科、本科、硕士、博士到任职教育的完整的训练体系。军事预防医学教学特色鲜明，注重综合应用和实践锻炼。“核、化学武器损伤防治学”被评为国家精品课程，牵头获得了国家教学成果二等奖2项，军队教学成果一等奖2项、二等奖1项，出版专著、教材40余部。

在科学研究方面，学院科研工作坚持以军为主、军民兼容，取得了骄人的成绩。建院以来，全院共获得教学科研成果奖155项，其中由程天民、粟永萍教授牵头完成的《放烧和烧冲复合伤的病理学研究》和宁竹之教授、余争平教授牵头完成的《96L044项目》获得2项国家科技进步一等奖，成为该院光彩夺目的乐章。另外，还获得国家科技成果二等奖4项、三等奖4项，军队科技进步一、二等奖40项。学院共获得包括国家“973”项目、“863”项目、国家自然基金重点项目、国际重大合作项目、国家科技部重点攻关项目、国家杰出青年基金等在内的省部级以上教学、科研课题200余项，获科研经费1.2亿元，实验室建设经费3000多万元。

在平台及条件建设方面，学院注重科研教学条件建设和高新技术平台的建立，除国家、军队及重庆市重点实验室建设卓有成效外，近年来，学院相继建成和正在抓紧建设多种武器致伤、毒剂复合伤、微波、环境与毒理芯片、特种食品功能评价、给水安全评价、生物消毒、CBT教室等高技术平台和实验室。2004年，该院迁入了建筑面积达8000m2的军事预防医学院新大楼，实验室硬件设施达到国内一流，有力地促进了学院教学和科研工作跃上新台阶。

在思想政治建设方面，学院先后有3个教研室荣立集体二等功，2人荣立一等功，涌现出了“全国优秀共产党员”程天民院士、“全军学习成才十大标兵”余争平教授等一大批先进典型。程天民院士、余争平教授、粟永萍教授先后当选全国政协委员、全国人大代表和党的十五大代表。