大部分位于两侧视丘之间，呈狭长间隙，前上方经室间孔与侧脑室沟通，后下方与中脑导水管相连。矢状面近似四边形，高2.5～3cm，前后径稍长。

第三脑室中心稍上方，有一连接左右视丘的灰质块，称中间联合或中间块。第三脑室前下方有两个隐窝，稍上一隐窝伸入视交叉之上，称视隐窝；稍下方有一隐窝，伸入垂体蒂中，形如漏斗称漏斗隐窝。前壁下部为终板，上部为前连合、穹窿。穹窿与视丘之间为室间孔所在。顶为一层上皮构成的中间帆，有脉络膜丛伸入。后为松果体、后连合和中脑导水管。第三脑室底自前向后依次为视交叉、漏斗、灰结节、乳头体、后穿质、大脑脚和中间被盖。侧壁为视丘和下视丘内面。

位于两间脑之间的矢状窄裂，前部向前以室间孔与左右侧脑室相通，向后以中脑水管与第四脑室相通。第三脑室分为顶、底、前、后壁和两侧壁。

顶：由紧张于丘脑带间的脑室膜和复盖其上的软脑膜连合而成。称此部软膜为第三脑室脉络组织，其中有两条脉络丛突入第三脑室。第三脑室脉络丛向前，到室间孔移行于左右侧脑室脉络丛。

底：斜向前下方，主要由下丘脑组成。室腔向下，延伸入漏斗，形成漏斗隐窝。

前壁：下部由终板构成，上部由穹窿柱和前连合构成。前壁与顶壁连接处的后方有室间孔。

后壁：由松果体和后连合构成。

侧壁：上部由丘脑内侧面前2/3构成，下部由下丘脑构成，两侧壁之间有中间块相连接。

工作镜经侧脑室前角入路进入侧脑室后首先可看到室间孔及由后向室间孔走行的脉络丛。经室间孔将内窥镜视野推入第三脑室，在第三脑室内首先可看到视野正前方的中间块前缘及与侧脑室脉络丛相延续的第三脑室顶部的脉络丛结构及前联合。经前联合与中间块间隙推进内窥镜视野，并结合应用120°镜可看到终板结构及视交叉隐窝、漏斗隐窝。经中间块上方间隙推进内窥镜视野，向后可看到中间帆后部，经中间块上下间隙进一步推进内窥镜视野，可看到松果体隐窝、后联合、导水管上口。