第二次刚果战争，是主要发生在刚果民主共和国境内的一场战争。在第一次刚果战争中被卢旺达扶植上台的洛朗·德西雷·卡比拉对迟迟不肯撤离的卢旺达驻军渐生猜忌，在试图强制其撤出后，卢旺达势力开始把枪口转向了卡比拉政权。战争在1998年爆发，至2003年交战双方达成和解并共同组建刚果民主共和国过渡政府才结束。第二次刚果战争是非洲现代历史上规模最大的一场战争，前后涉及非洲9个国家，20支武装力量，导致总计有超过100万人被迫流亡，大量迁移至周边国家，有“非洲的世界大战”之称。

20世纪90年代中期，非洲中部国家扎伊尔（今刚果民主共和国）国内东部地区的反叛行动愈演愈烈，逐步升级为一场战争。1996年，乌干达和卢旺达联合入侵扎伊尔，打击藏在扎伊尔东部丛林里的胡图族武装。反政府力量经过整合，形成了以洛朗·德西雷·卡比拉为领导人的政治组织：刚果解放民主力量同盟（简称ADFL），并得到了邻国卢旺达的国防部长保罗·卡加梅少将的支持。1996年夏，卡加梅派遣他手下最能干的指挥官雅姆·卡巴雷贝，率领该国正规部队——卢旺达爱国军（RPA）的数个营，引导ADFL的部队从东部地区向首都金沙萨发起进攻。短短两个月内，刚果河以东的扎伊尔国土已基本上处于RPA和ADFL部队的控制之下。1997年5月15日，军人独裁者蒙博托离开金沙萨。入侵者扶持了叛军首领卡比拉做总统。

刚果民主共和国国内的基础设施被破坏殆尽，交通几乎全部中断，百业凋零，民不聊生。而且卡比拉虽然已宣誓就任新的刚果民主共和国的总统，但他和ADFL部队实际控制的只有国内少数几个大城市，尚有大片国土处于卢旺达和乌干达部队的占领之下。在夺取政权之前，国内政治基础比较薄弱的卡比拉很依赖于两国的政治、军事支持。而两国出兵的一个重要动机是希望籍此能控制刚果（金）东部矿产资源丰富的地区，但卡比拉并不想让这些财富落入他人之手，于是在共同的对手消失后，卢旺达和乌干达就对卡比拉政权表示出了不满。此外，卡比拉不愿和ADFL内部的盟友分享权力，他采取了一些措施，使得国内民众开始反对ADFL。如此一来，他昔日的朋友们也就开始谋划将他赶下台。

1998年7月27日，卡比拉发布命令，要求所有卢旺达和乌干达的军事人员立刻离境。卡比拉指责两国军事人员牵涉到了一次针对他的未遂谋杀行动，同时还批评卢旺达爱国军对胡图族难民进行种族屠杀。积累已久的矛盾就此爆发。8月2日，驻刚果（金）东部城市戈马的刚果陆军第10旅的数千名士兵发动哗变。这些士兵基本上都是巴尼穆伦格人，属于图西族，同卢旺达当局的关系非常密切。当忠于卡比拉的部队前来镇压时，双方爆发了激烈的冲突，戈马城的大部分地区都遭到了破坏和抢劫。哗变很快在刚果（金）全国蔓延开来，驻乌维拉和布卡武的部队都相继加入到叛军的行列中。ADFL内部反对卡比拉的力量也乘势行动起来。刚果（金）实质上再次陷入了内战之中。

1998年，卡比拉与胡图武装越走越近，卢旺达和乌干达再次入侵刚果，引发了第二次刚果战争，对资源和权力的争夺让至少八个非洲国家卷入战争。2001年，卡比拉被自己的警卫射杀，他29岁的儿子约瑟夫·卡比拉接掌了权力。一年后，在南非的强力干预下，这位年轻的领导人与部族武装及外国入侵者签署了和平协议。

尽管2003年的停战标志着该战争的正式结束，但是整个国家仍然冲突不断，东部地区仍时有激烈的武装冲突。2004年，估计每天由至少1000人死于军事冲突、社会保障不足或食物的短缺。持续不断的局部冲突导致大量人口被迫流亡国外。