第二次马其顿战争发生于公元前200–197年，交战双方为罗马和马其顿帝国，但此次罗马的盟友包括珀加马和罗德岛。战争结果腓力五世遭受到大败，马其顿失去在希腊半岛、小亚细亚和色雷斯所有领土，而罗马宣布所有的希腊城邦将获得自由。这场战争标志着罗马开始大幅干涉东地中海事务，甚至最终征服整个区域。

马其顿和罗马在第一次马其顿战争交锋未分胜负，参战各方签订了腓尼基和约。和约的条款不允许马其顿向西扩张，于是腓力五世很快的把注意力转移到色雷斯和达达尼尔海峡附近的希腊城邦，使罗德岛和帕加马王国感受到威胁，因而在前205年爆发克里特战争。

在前204年，埃及托勒密四世逝世，留下年幼的儿子托勒密五世继位。趁着这个机会马其顿国王腓力五世与塞琉古国王安条克三世达成秘密协议，意图瓜分托勒密王国的领土。根据这个协定，马其顿将获得爱琴海沿岸和昔兰尼，塞琉古帝国则将埃及和塞浦路斯纳为所有。

条约签署之后，腓力的军队袭击了托勒密王国在色雷斯的领土。接着，马其顿舰队向南进犯，从托勒密王国手中夺取了萨摩斯岛，并俘虏了停泊在那里的埃及舰队。前201年，马其顿舰队在莱德岛海战后占领米利都。之后，腓力开始入侵帕加马王国的领土和卡里亚，然而罗德岛和帕加马舰队在巴尔古利亚的海港内成功封锁马其顿舰队，使马其顿军在整个冬天补给相当缺乏。腓力与他的舰队刚刚从联军的封锁中逃离后不久，雅典也卷入这场对抗腓力的战争。

尽管罗德岛和帕加马舰队在海军上显现优势，但仍对腓力的军力相当畏惧，派遣大使向日益强盛的罗马共和国寻求协助。

罗马的早期历史上，罗马很少介入东地中海的事务，甚至在第一次马其顿战争发生时，罗马的主要对手是引发第二次布匿战争的汉尼拔，而非腓力五世。随者腓尼基和约签订，初步解决了罗马与马其顿在伊利里亚的纠纷。

前205年以来，腓力在色雷斯和小亚细亚的扩张行动逐渐引起罗马注意，加上在第二次布匿战争获得完全胜利，罗马可以把余力集中到东方来。当罗马盟友罗得岛及帕加马代表团来到罗马，告诉罗马元老院安条克和腓力之间的条约，并抱怨腓力攻击他们的领土，罗马随即派出三位特使前往希腊作为回应。起初罗马特使在到达雅典前对于与马其顿开战兴致缺缺，直到他们在雅典与帕加马国王阿塔罗斯一世和罗德岛的特使会面。差不多同时，腓力因雅典先前与马其顿宣战而派遣一支军队入侵阿提卡。罗马大使与马其顿将领会面，强烈要求马其顿从其他希腊城邦撤军，而且要与罗德岛和帕加马协定关于战争的赔款，否则罗马将对其宣战。马其顿的将领立即从雅典的领土上撤军，并把罗马的最后通牒传达给腓力五世。

在腓力与他的舰队从巴尔古利亚的封锁脱离后，回到马其顿本土，在那里腓力收到罗马的最后通牒。腓力拒绝罗马的要求，命令军队再度入侵雅典，并重新策划对达达尼尔海峡附近城邦的征服行动。前200年，腓力率军包围了帕加马和罗得岛守军联防的阿彼多斯。同年夏天，罗马一位大使携带第二份最后通牒来到阿彼多斯与腓力五世会面，要求马其顿立即停止攻击任何希腊城邦或是托勒密王国的领地，并且与罗德岛和帕加马协谈和约并赔偿损失。而腓力五世则要求罗马遵守腓尼基和约，若罗马执意违反和约开战的话，他将尽其所能与罗马战斗。然而这时罗马已经很明显要与马其顿开战，差不多在罗马大使向腓力五世递交第二份最后通牒时，一支罗马军队登陆伊利里亚。对此，腓力五世向罗马抗议他并没有违反腓尼基和约内的任何条款，但对于事实已经毫无影响了，第二次马其顿战争因而爆发。

战争爆发后，腓力五世发现很少有希腊城邦愿意与马其顿同盟，他们也对与罗马结盟兴趣缺缺。主要原因在第一次马其顿战争时，罗马军团频繁的暴虐行为让希腊人印象深刻，大部分的城邦都静待战争变化。在战争前两年，罗马在军事上甚少进展。罗马执政官普布利乌斯·苏尔皮基乌斯·加尔巴·马克西姆斯虽然在军事上进展缓慢，但外交上成功让埃托利亚加入罗马这方。而继任的执政官普布利乌斯·维利乌斯·塔普鲁斯主要在处理自方的兵变问题。前198年，新任罗马执政官提图斯·昆克蒂乌斯·弗拉米宁接手统帅权后，在军事上的表现与前几任大大不同。

弗拉米宁（弗拉米尼努斯）年仅不到三十岁，还是个热爱希腊文化者。原本罗马的政策是要腓力停止攻击任何希腊城邦，即维持希腊城邦和平。弗拉米宁一改先前罗马的战争政策和规划，要求马其顿从所有城邦上的驻军撤离，完全解放希腊城邦。这政策让罗马获得许多希腊城邦支持，加上弗拉米宁在军事上一连串积极行动，并于阿乌斯战役获得胜利，迫使腓力五世从色萨利撤退。尽管传统上的亲马其顿的阿哈伊亚同盟在这时与斯巴达交战而无法在这次战争上为马其顿提供协助，但罗马成功让阿哈伊亚同盟放弃亲马其顿的立场，最后在阿哈伊亚同盟，仅剩阿尔戈斯与马其顿同一侧。

陷入不利形势的腓力五世宣布他有意愿与罗马谈和，而弗拉米宁希望能在自己执政官任内结束这场战争，来作为自己的功绩。但这时弗拉米宁面临罗马执政官改选，并不确定自己任期是否延长。在这种情况下，弗拉米宁决定先与腓力的谈判来等待时间，直到选举结果出来。假如自己任期没有延长，她将在被召回罗马前立即与马其顿谈和；如果任期延长的话，和平谈判就破裂，继续与马其顿战争。

在前198年11月，弗拉米宁与腓力五世在罗克里斯的尼西亚会谈。为了拖延会议进行，弗拉米宁坚持所有的罗马盟友都要参与这次协商。会中弗拉米宁再度重申:要求马其顿从所有希腊城邦上的驻军撤离。而腓力五世认为条件太严苛，希望以马其顿放弃所有最近征服的色雷斯和小亚细亚领土即可，但弗拉米宁却告诉腓力五世这些条件是希腊城邦坚持提出的，建议腓力五世派出大使前往罗马元老院商谈，这问题就可以解决。在弗拉米宁误导下，腓力五世派遣使者前往罗马，此时选举结果也出来了，弗拉米宁被任命为资深执政官，军队指挥权也延长了。于是，弗拉米宁在罗马的朋友阻挠马其顿使者协商，迫使和平会谈破裂，战争再度爆发。

随着战争渐渐对罗马有利，腓力五世所剩不多的盟友背弃了他。前197年六月，弗拉米宁所率领的罗马军团在色萨利的库诺斯克法莱战役中击败马其顿方阵，腓力五世被迫接受罗马的谈和条件，结束这场战争。

双方在坦佩谷举行和谈，并在那里签订和约。腓力五世同意将会把马其顿驻军从所有希腊城邦撤离，并且放弃所有最近征服的色雷斯和小亚细亚领土。会中埃托利亚同盟要求从马其顿获得领土，但这项要求遭到弗拉米宁否决。当条款送到罗马确定批准时，罗马元老院再增加额外条款:马其顿要付出一大笔战争赔款和交出大部分舰队。

前196年的科林斯的地峡运动会上，弗拉米宁宣告了所有的希腊城邦将获得自由，而且罗马不会在希腊驻军，当场所有希腊人欢声雷动。然而，罗马仍在重要的战略要地上驻军，如马其顿、科林斯、德米特里阿斯和哈尔基斯等地，直到前194年才逐渐从希腊撤军。

第二次马其顿战争结束后，马其顿被迫与罗马同盟，疆界回到早期的边界，结果马其顿在希腊的势力遭到彻底粉碎，丧失了地中海大国的地位。