第十三舰队的前身是
自由行星同盟宇宙军第四、第六舰队。在
亚斯提会战中第四、第六舰队遭到帝国军重创,战后
西德尼·席特列元帅命令统合作战本部将第四舰队、第六舰队残存的兵力整合在一起组成第十三舰队,交给刚刚晋升少将的
杨威利指挥。
亚姆利扎会战后第十舰队,第二舰队的残部并入第十三舰队,同时舰队奉统合作战本部的命令调至
伊谢尔伦要塞巴米利恩会战同盟军失败后,按照《巴拉特和约》中的规定第十三舰队被强制解散,但舰队中部分新锐战舰,宇宙航空母舰却在巴米利恩会战结束前按照杨的计划,由梅尔卡兹一级上将隐藏起来。这些隐藏起来的舰队构成了日后艾尔·法西尔革命政府军的核心战力。在杨,
亚典波罗中将,先寇布中将等人从同盟首都海尼森脱出后不久第十三舰队的余部与前第十三舰队高层一起加入了艾尔·法西尔革命政府。
宇宙历799年,巴米利恩会战中成功将
莱因哈特·冯·罗严克拉姆的旗舰纳入射程。但因同盟政府的停战命令而最终未能取胜。
宇宙历801年,参加希巴星域会战,突入帝国军总旗舰
伯伦希尔内部,成功与帝国和谈。