日军第十六师团,日本帝国主义陆军常备主力师团之一。
1907年在日本京都组建。日军常备师团有两个步兵旅团,共4个步兵联队及炮兵、骑兵、工兵、辎重联队等,全师团共约2.2万人,装备有四一式山炮12门、三八式野炮36门、37毫米速射反坦克炮12门、轻型装甲车12辆,因日本陆军实行地区后备役兵员征兵制,每个陆军师团平时驻守的地区,又是该师团官兵的家乡和补充兵源的地区。第十六师团平时驻守在日本京都、奈良等地,该部官兵多为上述地区人。因日本陆军称呼某师团名称常冠以地名或该师团主官名字,故第十六师团又称“京都师团”。第十六师团1937年9月11日在塘沽登陆,参加侵略中国的战争。曾任该师团师团长的有中岛今朝吾中将、藤江惠辅中将、山本雄一中将、儿玉友雄中将、森冈皋中将等。