院址在南京市。下设水工、土工、河港、材料结构4个研究所,以及水利水电勘测设计院、技术情报研究室和计算中心等机构。设有紊流力学、
河流动力学、泥沙运动、土动力学、水工水力学、通航水力学、地下水渗流、环境水力学、河道整治、潮汐河口治理、海岸演变、地基加固、土石坝筑坝技术、钢筋混凝土结构、
钢结构防腐、近海工程、聚合物材料等专业,每年承担的基础研究和开发应用科研项目约350项,提出成果报告200多篇,并兼管水利部水利大坝安全监测中心，承担全国水利大坝安全监测工作。该院为有关学科博士、硕士学位授予单位之一。从1978年以来，获得国家级、部级、省级
科学技术进步奖的科研成果达120余项。1987年底,该院有科技人员786人，其中有高级职称的138人；编辑出版的刊物有《
岩土工程学报》、《海洋工程》、《水利水运科学研究》和英文版季刊《CHINAOCEANENGINEERING》。