系统结构，是构成系统的要素间相互联系、相互作用的方式和秩序，或者说是系统联系的全体集合。联系就是系统要素之间相互作用，相互依赖的关系，它是要素构成系统的媒介。要素间的联系可以从三个方面体现： 联系的形式，联结链的多少，联系的强度。

系统结构的基本特点：稳定性、层次性、开放性、相对性。

系统结构，也用来表述对计算机系统中各级机器间界面的划分和定义，以及对各级界面上、下的功能进行分配。各级都有自己的系统结构。

从系统目的出发按照一定规律组织起来的、相互关联的系统元素的集合。

从最基本的意义来说，系统是由相互关联的元素构成的。元素是指从研究系统的目的来看不需要再加以分解和追究其内部构造的基本成分。例如，一家航空公司拥有飞机、工作人员和各种设备，这些便是航空公司系统中的元素。

有些系统，特别是大型系统，为了便于研究，可以分解成若干个子系统。子系统在大系统的活动中起一个元素的作用，但是在需要考察子系统的构造时，又可将它分解为更小的子系统，例如，一个国家是个大系统，它由政治子系统、经济子系统、文化教育子系统、国家安全子系统等组成。而这些子系统又分别由若干个更小的子系统组成，如经济子系统由工业、农业、商业、交通运输等子系统组成。元素-子系统-系统这种表达系统层次构造的方式具有一定的相对性，这种分解不是唯一的。

元素或子系统之间的相互关联（作用、影响、关系等）是系统结构的另一内容。两个不同的系统可以由彼此完全相同的元素集合构成，但元素间有着不同的关联。例如，一个电感线圈和一个电容器可以不同的关联方式（如串联、并联）而构成串联谐振系统或并联谐振系统。因此，两个具有不同结构的系统，既可能是两个系统中的元素互不相同，也可能是元素相同而元素间的关联不同。

系统结构可以用系统构造示意图表示（见图）。图中大圆圈s表示系统，s内的小圆圈s1，s2,…,sn表示元素或子系统,小圆圈间的连线rij表示si与sj间的关联。