索非亚医科大学建于1950年，其前身是索菲亚大学医学院。

索非亚医科大学是保加利亚一所历史较为悠久的高等医学教育机构。1954年索菲亚大学医学院组建成为索菲亚高等医学研究所，1995年该研究所正式命名为索菲亚医科大学。

索菲亚医科大学现设有：医学院、口腔医学院、医药学院、公共卫生学院。同时还设有索非亚医学院、弗拉察医学院和布拉戈耶夫格勒医学院。索菲亚医科大学现开设有本科、硕士和博士专业：医疗、医疗康复及欧洲疗法、牙科医学、药剂学、护理学、卫生保健、公共卫生及公共卫生管理、放射技术、康复助理、药剂师、医疗卫生监督、按摩师、医疗化妆品认证等。