组织分离是一种用子实体的某一部分来分离菌种的方法。常应用于临床手术、食品加工、组织取缔等途径。

从理论上讲：所获菌种不发生遗传重组等变异，因此常被生产上采用。选择无污染并菇形健壮的蘑菇幼菇(6分成熟)，采摘后及时放入灭过菌的纸袋中带回接种室，连同母种用试管培养基等用品一起放入接种箱内消毒。在接种箱内无菌操作，先用75%的酒精消毒双手和工具，然后用0.1%升汞液消毒种菇表面，用消过毒的解剖刀从菌盖与菌柄联结处的中部纵切开，在菌盖与菌柄交界处切成长条形小块，用接种钩钩取小块菌肉，迅速接入培养基斜面的中部，塞好棉塞，在25℃下培养3～5天后即可看到组织块周围长出白色稀疏纤细的菌丝，15～18天菌丝即可长满试管，挑选菌丝健旺无污染的菌管再进行转接扩繁，须经出菇试验合格后用于生产。

组织分离法简便，后代不易发生变异，能保持原菌株的优良特性。组织分离最好采用正处于旺盛生长中的幼嫩子实体或菇蕾作为分离材料，采取菌盖与菌柄交接处的组织进行分离，效果最好，对于那些有内或外菌幕保护的菇类来说,取在菌幕保护下的幼嫩菌褶接种，生活力更加旺盛。对于某些菌根菌，则取用靠近基部的菌柄组织才能成活。

种菇要选朵大盖厚，柄短，八九分成熟的优良品种。切去菇两基部，在无菌箱内以0.1%的升汞水浸几分钟，再用无菌水冲洗并揩干或用75%酒精棉球擦拭菌盖与菌柄2次，进行表面消毒。

接种时，只要将种菇撕开，在萌盖和菌柄交界处或菌褶处，挑取一小块组织；移接 到PDA培养基上。置25℃左右温度下培养3-5天，就可以看到组织上产生白色绒毛状菌丝，转管扩大即得到菌种。

如香菇、平菇等可以用此方法。

茯苓、猪苓、雷丸等菌的子实体不易采集。而常见的是它贮藏营养的菌核。用菌核分离，同样可以获得菌种。方法是将菌核表面洗净，用酒精或升汞消毒后，切开菌核，取中间组织一小块，约黄豆大小，接种在PDA 培养基斜面上，保温培养。

应注重的是，菌核是贮藏器官，大部分是多糖类物质，只含有少量的菌丝，因此挑取的组织块要大一些，假如组织块过小，则不易分出菌种。

有一部分子实体不易找到，也没有菌核，可以用菌素进行分离。如蜜环菌、假蜜环菌。

其操作方法是先用酒精或升汞将菌素表面黑色皮层轻轻擦拭2～3次， 然后去掉黑色外皮层（菌鞘），抽出白色菌髓部分；用无菌剪刀将菌髓剪一小段，接种在培养基上，保温培养，即得该菌菌种。

菌素分离要注重：因菌素比较细小，分离素也比较细小，分离时极易污染杂菌，所以要严格操作。

1.著名的黑木耳菌种“菊三”、“冬梅1号”、“雪梅1号”、“雪梅3号”、“984”就是黑龙江省柴河食用菌学会冬梅食用菌厂，通过对野生木耳组织分离，驯化选育成功的。

2.香菇组织分离方法

选用的子实体先经0.1%开汞水或70%酒精表面消毒后。用无菌水冲洗并用无菌纱布擦去表面水分。

分离香菇时，用无菌解剖刀自菌柄处切开少许，再用手将子实体掰开为二，在菌盖与菌褶交界处，切取0.3～0.4立方厘米的一小块菌肉，移放在斜面培养基中央。如已开伞的种菇、则选菌盖与菌柄交界处的菌肉。

分离草菇时，用无菌解剖刀把菌蕾纵切少许；再用手把菌盖轻轻剥开，在菌柄上方和菌盖交界处，切取1～5毫米的细块，接在斜面培养基中。如种菇已受雨淋，吸水较多，应取菌褶作为接种材料。组织分离后将试管外面放在恒温箱中培养。待组织块周围萌发出菌丝，并向 培养基蔓延生长后，再挑取生长健壮的菌丝进行转管培养。

组织分离法操作简便，又不易带入杂菌，容易获得纯菌种。但对银耳、黑木耳等胶质菌；因其子实体中菌丝的含量极少，如用组织分离培养，则往往不易成功。