细菌腐蚀是指细菌在特定的条件下对金属的腐蚀。最有代表性的细菌是硫酸盐还原菌，它们容易在透气性差的土壤或沼泽、海底污泥中繁殖。这种细菌在缺氧条件下繁殖时，将硫酸盐还原并与铁生成黑色的硫化铁。细菌参与并促进反应过程使金属腐蚀加速。不同种类的细菌腐蚀行为和条件各不相同，有的细菌以管道外防腐层的石油沥青为养料，从而破坏防腐层使管外壁腐蚀。

细菌腐蚀是当金属在含有硫酸盐的土壤中腐蚀时，阴极反应的氢将硫酸盐还原为硫化物，硫酸盐还原菌利用反应的能量进行繁殖从而加速金属腐蚀的现象。

有的细菌将土壤中某些有机物转化为盐类成酸类，与金属作用而引起腐蚀。油田水、回注水及污水中的有机物质可以是细菌的营养源，常有细菌大量繁殖，在油气集输系统、注水系统和污水系统的容器、管道内壁常发生细菌腐蚀。

影响腐蚀的细菌可分为需氧菌和厌氧菌两大系列。需氧菌在有氧存在的环境中发生反应，而厌氧菌在无氧的环境中发生反应。

一些需氧菌会使硫转化成硫酸，加剧腐蚀；而一些亚硫酸盐还原菌存在于厌氧环境，它们也会造成硫化氢对钢的直接腐蚀和使阴极解极化。在含有氧的流体中也会在活泼的腐蚀坑区发现亚硫酸盐还原菌，因为那里氧的浓度变得很低。

最常见的细菌腐蚀是硫酸还原菌的腐蚀，硫酸还原菌的主要成分为氢化酶，它能使硫酸盐分解产生H2S和H2，使金属被腐蚀成金属硫化物，而H2从阴极逸出，使阴极解极化．使腐蚀反应连续不断地进行。常用的木质素磺酸盐是硫酸盐类还原菌良好的培养源，在一定的温度下，硫酸盐类还原菌会迅速繁殖。

在细菌的生物化学腐蚀中，除硫酸盐类还原菌外，还有铁细菌、硫细菌、腐生菌和一些藻类也会对金属造成腐蚀，它们可以吸附在金属表面，形成双金属腐蚀电路；另外，它们还可形成积垢，形成电化学腐蚀电路，造成电化学腐蚀。