绍兴市农业科学研究院建于1973年，前身为绍兴市农业科学研究所，属市级农业综合性技术研究的纯公益性事业单位。2004年6月，与部分县（市）级农业研究所整合，成立绍兴市农业科学研究院，下设糯稻研究所、蔬菜研究所、生物技术研究所、茶叶研究所、农业生态研究所及旱地作物研究所等8个所。院现有在职干部职工37人，其中高级职称12人，中级职称14人；有博士1名，硕士5名，本科学历23名。建院以来，全院承担国家、省、市科研课题234余项，通过国家、省农作物品种审（认）定32个（其中国家审定3个），获市级及以上科技成果奖96项，在省级及以上刊物发表论文272余篇。
绍兴市农业科学研究院的前身绍兴市农业科学研究，在市委市府的关怀和市有关部门的大力支持下，2004年6月，与部分有特色的县（市）级研究所和民营研究所整合，成立绍兴市农业科学研究院。
市农科院下设糯稻研究所、蔬菜研究所、生物技术研究所、农业生态和质量标准研究所（绍兴市农产品质量监督检验测试中心）、茶叶研究所、土壤肥料研究所、农业信息与培训中心、旱地作物研究所、绍鸭研究所和水产研究所等研究机构以及办公室、科研处、产业处等部门。
建院（所）三十余年来累计共承担省、市科研课题136项，获市级以上科技成果奖66项，其中省科技进步一等奖1项(协作)，化工部科技进步一等奖1项(协作)，农业部农业丰收奖1项，省科技进步奖14项，市科技进步奖49项；
一位同志被选为市五届党代表，二位同志获省先进科技工作者称号，一位同志获省“50佳科技创新明星”及市先进科技工作者称号，一位同志获“绍兴十佳经济功臣”、“绍兴市十佳科技明星”、市劳动模范称号。
绍兴市农业科学研究院在东湖有土地155余亩（其中向东湖农场租赁85亩），其中试验用地120亩，院下属兰亭茶牧场有山地400多亩，山林700多亩，海南育种基地一个（土地每年向当地租用）。
院内建有科研办公及辅助用房8703m，连栋大棚6788m，提高型大棚34000m，玻璃温室二只计800m，炼苗房1000m，组培实验室500m，农产品检测中心实验室800 m，配备美国安捷伦6890N
气相色谱仪、M6原子吸收分光光谱仪及日本岛津2550双光束紫外/
可见分光光度计等一批当今国际先进的农产品质量安全检测仪器设备共计10台套（大型），以及AB204－N
电子天平、DGG－9123A电热恒温干燥箱、
超声波清洗器等普通仪器35台（套）。