结构方法在自然科学发展中起了重要的作用。现代分子生物学在分子水平上揭示的生物遗传机制，就是在大量测定蛋白质、核酸这些生物大分子复杂的立体结构并建立分子结构模型的基础上取得的成果。结构方法与系统方法有密切的关系。系统方法的基本原则诸如整体性、最佳化、
模型化，也是结构方法的基本原则。这些原则要求把研究对象作为一个有机的整体或系统看待，从其各组成要素相互结合、相互制约、相互作用中考察系统的整体功能。实现系统整体功能最佳化的关键，在于选择或建立最佳结构。模型化是选择或建立最佳结构的必要试验手段。结构方法与20世纪20年代起在欧美产生和流行的结构主义的方法有一定的相同之处，也有本质区别。