综合运输研究所成立于1959年，建制归属中国科学院，业务接受政府主管部门领导；1973年移交交通部（铁道、交通两部合并）；1978年国家经委恢复，即归属其领导；1988年开始隶属国家发展和改革委员会。

综合运输研究所的研究领域涵盖交通运输经济的各个方面,其中包括对国家和地区交通运输领域的中长期发展战略、规划布局、产业政策、各种运输方式的综合利用等研究;为地区、部门和跨国、跨地区企业的交通运输发展规划、管理模式、企业经营战略、项目发展方案等,提供权威决策参考；此外,在交通运输建设项目和运输方案等的评估、设计和咨询服务等方面具有丰富的经验。并获有国家授予的工程咨询甲级资质。

综合运输研究所自成立以来,一直重视人才培养和引进，拥有一批通晓交通运输经济、技术、管理理论和丰富实践经验的高水平的科研工作者,其中高级研究人员占研究人员总数的60%以上。

机构设置如下：

1、交通发展战略研究室　(室主任：贾进；副主任：苏斌)

交通运输发展方向；交通运输中长期发展目标；交通运输体系发展框架；综合运输理论与方法。

2、交通运输规划研究室　(室主任：罗萍；副主任：尹震)

交通运输网发展规模与布局；交通运输系统发展规划；重大交通基础设施建设项目；运输市场与运输需求分析；交通规划方法与理论。

3、交通产业与政策研究室　(室主任：王东明；副主任：李堃)

交通运输发展与国民经济关系；发展交通运输业(基础设施、运输装备和运输服务等)各项政策与相关法规；交通可持续发展；交通运输产业组织与机构。

4、运输经济与技术研究室　(室主任：李连成；副主任：樊桦)

交通运输项目和方案的技术经济论证；运输经济理论研究；运输技术经济的方法与运用；交通运输新技术发展。

5、运输管理研究室　(室主任：刘斌；副主任：张国强)

运输组织与管理模式及其相关技术；多式联运、集装箱运输与危险品运输；交通运输行业相关标准；交通运输业管理体制;交通安全与交通运输应急保障;旅客和货物运输服务质量。

6、物流研究室　(室主任：冯浩；副主任：谢雨蓉)

物流管理理论与方法；物流组织与管理模式及相关技术；区域及企业物流发展战略、规划；物流园区规划与建设。

7、城市交通研究室　(室主任：程世东；副主任：李茜)

城市交通与城市公共交通系统；大都市区交通系统建设；城市圈/城市群交通问题发展。

8、交通运输技术发展研究中心　(室主任：郭文龙；副主任：杨文捷)

智能运输系统开发；交通信息技术；数据库技术；地理信息系统；交通规划模型；辅助决策支持及交通微观仿真。

9、《综合运输》编辑部　(室主任：沈培钧)

《综合运输》月刊和《综合运输参考资料》的编辑、出版与发行；交通运输论文、资料和图集(册)的编辑出版发行。

10、办公室　(办公室主任：刘丽亚；副主任：柴岩、曹红)

科研组织与管理；外事管理；人力资源管理；党委日常事务；行政事务管理；财务管理；网络的运行与维护；固定资产管理；房产与车辆管理。