编制外员工和编制内员工相比，不仅难以实现“同工同酬”，在社会保障、向上发展等方面也难以享受到平等待遇。
员工分为编制内外，这种状况在事业单位普遍存在，法院、检察院、媒体、学校、医院、科研院所……有的
事业单位，编制外员工数量甚至超过编制内员工，承担着主要的业务工作。但是，干得再多、再好，如果没有编制，其处境还是非常尴尬，通常和编制内员工没法比。收入差距是一方面，此外还难以享受到编制内员工完整的福利待遇，如社会保障、落户口，评职称、向上发展也往往得不到平等的机会。
一个编制，意味着一份财政拨款。一个事业单位有多少编制，不是单位本身能决定的，每增加一个都要花很大功夫。何况，各级编制部门对事业编制的总原则是“精减”，这就意味着事业单位如果没有大的职能变化，扩编几乎不可能。 还有一些事业单位干脆通过大量招聘编制外员工来控制用工成本，用一份编制内员工的钱去养活三到四个编外人员，即使有了新的编制，其编外员工也很难转正。
如果说事业单位用工“双轨制”受制于编制有限，那么企业用工“双轨制”则没有任何制度限制，但仍然在各大企业普遍存在。 新人/老人，正式工/劳务工，固定工/临时工，不同身份的员工，采用不同的人力资源管理政策，甚至在同样岗位上干同样的活儿，待遇都存在相当大的差异。 “计划轨”中的职工，仍带有“铁饭碗”痕迹，劳动合同形式化，实质上享受的是终身雇佣，企业通常无法辞退职工，福利报酬接近平均主义，仍有内部退养制度。“市场轨”中的职工，劳动力流动性很高，采用市场化的人力资源管理，雇佣关系没有保证，福利报酬主要与企业利润和个人表现相关。 但是，从员工的角度来看，“双轨制”弊端是显而易见的，造成了员工福利、社保方面的不平等和员工个人发展方面的不平等。特别是随着用工市场化程度的提高，越来越多企业中“市场轨”员工数量接近并超过了“计划轨”员工，如港口、造船等行业，“市场轨”员工已占到50%以上，倘若还沿用老办法，必然会影响员工的积极性，进而影响企业的竞争力。