1947年3月14日，美国与菲律宾在马尼拉签订美在菲继续使用和扩大军事基地的协定。为期99年。

美国租用菲律宾23处陆海空基地，根据需要可增加和开辟新的基地，在基地内美国享有广泛的治外法权。该协定曾多次修改。美国在菲律宾的军事基地主要有吕宋岛南部的苏比克海军基地和克拉克空军基地，也是美国在太平洋上的主要基地。1979年双方又修改协议，菲律宾收回基地主权，任命一名菲律宾人为基地指挥官，但美国指挥官任保留控制权。每五年对协定审查一次，1991年协定期满后，如双方同意方可延长，美国在五年内向菲提供五亿美元援助，作为对使用基地的补偿。 1983年6月美菲双方又签署一项协议，菲同意美国从1984一1989年继续使用苏比克海军基地和克拉克空军基地，美国则向菲提供九亿美元的经济和军事援助。

该协议在1991年停止，撤除了美军苏比克湾基地与克拉克空军基地。在国际上，菲律宾美军基地是冷战围堵政策的重要基地，对东盟国家来说是吓阻共产势力的保障。对菲律宾来说，美军基地有稳定政局、治安、人心的效果。驻菲美军对菲律宾经济也很重要。在新协定下，从1984年到1989年，菲律宾靠这两座军事基地向美国收取了9亿美元。另一方面驻菲美军当时提供当地人约四万个工作，是菲律宾第二大雇主。在1980到1986年间，这些工作占了菲律宾国内生产总额的5.16%。但驻菲美军也刺激了菲律宾民族主义，引起自由派、共产派人士反弹。例如1990年5月13日，学生与民间团体就发动了反美军基地示威。对美国来说，在新协定下维持驻军基地已太过昂贵。而驻菲美军所遭受的反美反弹甚至攻击是另一个缺点。而1990年时美国对苏俄与对中国关系缓和，驻军基地必要性已降低。在1991年，美国不同意菲律宾提出的基地费用。美菲军事基地协定不再续约。美军撤离苏比克湾与克拉克空军基地。科拉蓉执行之前国内决定的替代方案，将基地改为自由经济特区。