1926年毕业于山东省立青州师范学校。1932年秋考入国立北平大学商学院政治系。求学期间，积极参加“
一二·九”学生抗日救亡运动，1936年毕业后，与同学庞荩青、
李健等参加北平抗日民族先锋队和北平华北各界救国会。1937年7月，在山东第三路军做政训工作。
抗日战争爆发后，他积极抗日，脱离国民党。1938年春至1940年夏，在共产党的领导下，组织了鲁南抗敌工作团和鲁南抗敌动员委员会，任动委会常务委员、组织部长。1946年经
黎玉、
薛暮桥介绍加入中国共产党。历任山东省战时工作推行委员会行政委员、经济处长、山东省行政委员会委员、工商管理处副处长、实业厅副厅长兼
山东农学院院长等职。1950年7月，调到农业部工作，任农业部计划司副司长、农业部办公厅副主任、农业部机械局副局长等职。他不唯上、不唯书，经常深入基层调查研究，解决实际问题。
耿光波马克思政治、经济理论造诣很深，他和农科院的其他同志一起编辑出版了《马恩列斯论农业和农业经济》、《我国农业战线两条道路的斗争》两书。农科院的许多同志都找他帮助修改文章，有不少文章在《人民日报》等报刊发表。
1959年7月，在“左”的路线影响下，耿光波受到错误处理，被定为阶级异己分子，开除党籍，调到
农业科学院工作，爱人也随之离婚。他内心虽然极度痛苦，但仍然坚信党，坚信社会主义，坚信他的冤案一定会昭雪。他多次对前来看望他的老同志讲：“不给我职务，不给我名誉可以，但我不能离开党，不能接受开除我党籍的决定。”他多次上书申诉。“
文化大革命”中，他再次受到迫害，全家5口人被下放到河南、四川、内蒙、陕西、辽宁5个地方。就是在这样的环境里，他仍然坚持学习，坚持读马列原著。他说：“现在不在党内了，看不到党的文件了，但还可以看《人民日报》。”
周恩来总理生前对耿光波的冤案了解后非常重视，曾2次批示“重新处理”。1978年9月2日，中华人民共和国(78)国政字第41号文件批复，撤销1959年7月对耿光波的错误结论，恢复他的党籍。耿光波没能等到这一天就在北京不幸逝世。农业部、农科院为耿光波补开了追悼会。