职能分离，也称职能分立，是指在行政机关内部运用分权原则，要求行政机关将其内部的某些相关职能加以分离使之分属于不同的机构或不同的工作人员掌管或行使，如行政处罚中调查、控告职能与作出处罚职能的分离，处罚决定职能和决定执行职能的分离等。
职能分离的意义在于使行政机关内部建立起相互制约的机制，从而有利于遏制腐败，有效防止权力过于集中所造成的弊端。
行政诉讼法中的职权分离原则：
行政处罚中的职能分离原则，又称职权分离原则。为了确保行政行为的合法性和防止腐败，行政处罚的调查、检查和行政处罚的决定人员应当分离；听证主持人员与本案人员相分离；除法律规定当场收缴的罚款外，罚没款的决定机构与收缴机构相分离。