联盟军（Confederate States Army）只存在了从1861年到1865年不到5年的时间，但他对于美国军事史和美国南部史是起到关键作用的。

联盟国临时部队（The Provisional Army of the Confederate States）简称PACS，是联盟议会在1862年授权成立的，并在4月开始组建。事实上几乎所有的人，无论是正规军、还是志愿军都可以加入。如果南北战争以南部胜利而结束的话，那这个组织也就要被解散了。

美利坚联盟国陆军（The Army of the Confederate States of America）简称ACSA，由联盟议会1861年成立。它曾经被要求编制15015人和744名军官，但这个数字从未真正达到过，很多邦联的高级将领如Samuel Cooper和罗伯特·李都进入了这里以表示他们的地位要高过那些指挥民兵的平民军官。

任何南方的军事力量，其中包括陆军、海军一般被统称为“联盟军”（Confederates）而只有陆军被称作“联盟战士”（Confederate soldiers），联盟陆军是调集各州的国民军来进行人员补充的（各州国民军由州政府组织并领导，这与1792年的美国国民法案（United States Militia Act）制定的规则是一样的）。

陆军由联盟战时部门(Confederate States War Department)，联盟临时议会1861年2月21日通过议案建立，议会在1861年给予总统超过军部上的权威，使他有权召集各州的军队和志愿军。

从1861年5月8日开始，一个临时预备制度被授权运作并在8月8日以前，南方已遭受进攻，征集了4万志愿军去服一年或三年的兵役。在1862年4月以前，联盟政府觉得制定一个兵役制度是必要的，于是联盟临时陆军开始了正式征兵。

由于只有断断续续的资料，所以关于陆军的真实整体人数一直存有争议，但估计在南北战争时期的任何阶段，人数都在50万到200万之间。

军部的官方数据显示

如果将预备役数据也考虑进去的话在合计在1227890到1406180之间。陆军开始时出于战略上的考虑是防御军队，很多士兵也对李将军领导的北弗吉尼亚军团在马里兰会战中入侵北方表示不满。

战役开战前就有5万人拒绝参战，称他们的职责是保卫他们的家园而不是入侵。在维克斯堡会战和葛底斯堡会战后，实际服从的陆军只剩下10万人了。

联盟陆军开战前并没有一名明确的指挥官。杰弗逊·戴维斯总统自己从前就是一位军官和战时秘书，是由他作为陆军和海军的统帅并制定战略计划的。

罗伯特·李是陆军中也是南北战争中最优秀的将领，他负责管理陆军从1862年的3月13日到5月31日，被戴维斯总统任命为自己的军事顾问并在战略和后勤方面行使广泛的权利，就像美国陆军的参谋长。 在6月1日，他接受北弗吉尼亚军团，陆军最主要的一支野战部队的指挥官职务。

李将军在1865年1月23日被议会压倒性地推举为总司令，并担任此职务直到投降。 集中化的统一领导的缺乏是陆军的一个问题，他们很少有大规模的集体商议来达到一个一致的观点。

1862年底李将军进攻马里兰州的会战除外，那一次是与Bragg将军对肯塔基州的进攻和Earl Van Dorn将军在密西西比抵御Corinth的战斗同时进行的，但三场战斗都不顺利。这里有个关于“州的权利”的极端例子：乔治亚州的官员Joseph E. Brown极力反对本州的军队离开自己的州，同时在1864年联邦军打到这里时也试图不让自己的州民兵受联盟控制。

所有的将军都佩戴同样等级的徽章，这是战争初期大家作出的决定。起初联盟议会给各级将军也是有徽章上的分级的，但随着战事的进展，其他军官逐渐得到迁升至将级，但他们并没有得到相应的徽章。李将军是一个特殊的例外，他选择了一枚本身是给上校的徽章。只有7个人达到过上将的军衔，地位最高的是Samuel Cooper， 他是邦联陆军的副将官兼监察长。

军官的制服在袖子和平顶帽上都有穗带，相邻穗带的数量（也就是穗带设计的宽度）决定了等级的高低，衣服滚边和平顶帽conspicuous的颜色区别了不同的军种。有的时候军官们会将穗带拿掉以防止成为敌军明显的目标。平顶帽不常用，边缘下垂的大帽子很受喜爱因为它适合南部的气候。

山形袖章可以使他们与联邦军别开来，不同兵种的颜色也是不同的，步兵蓝色，骑兵黄色，炮兵红色，当然这还得根据实际的物资补给情况和联邦军指挥官的脸色来看。来自德克萨斯州的骑兵连就一直用红色的徽章，而至少一个德克萨斯州步兵连的士兵用的是黑色的。

陆军有一个与其他同时期的陆军显著地不同就是他们准将以下的军官都是他们自己队伍中的战士选出来的（联邦军是上校以下）。议会在1862年10月13日制订了一个表彰勇气和指挥能力的奖励制度。

但由于是战争时期，他们无法制作足够数量的勋章，为了避免延迟肯定他们功绩这种情况的发生，他们干脆宣布“荣誉属于集体，个人不必获得勋章”那些奖励并同名字被写在了“荣誉卷”(Roll of Honor)上，它们将在之后的头一次阅兵式上被宣读和刊登在各州的至少一份报纸上。

陆军是由一个个独立的军团和军事部门组成的，它们可以被组建，重命名甚至必要时解散。这些军团普遍是从州或自然地形取名（跟联邦军的多数以著名河流作为军团名称的做法区别）。军团通常由上将或中将作为指挥官。其中比较重要有如下：

“接近百分之四十的联盟人口是不自由的，这项工作也需要在战争期间去建设一个平等的社会、自然而然地卸下黑人们肩上的负担，除了铭记那些参军的白人，我们也不应忘记数量广大而且重要的黑色劳动力量！”连乔治亚州州长Joseph E. Brown都这样提到了：“国家和军队主要由奴隶们的劳动作为支撑。”

在各种对军队的支援中，黑人劳动力扮演着各种角色：从最下层的基础组织如采矿，到车辆驾驶员或医疗工作如护工。 让奴隶参军也因为战事的扩大而被提上议事日程，但并没有得到总统和其他幕僚的足够重视。

尽管由于一封Patrick Cleburne写给政府催促启用黑人士兵并因此获得自由身的信件引发了一场激烈的争论，但这件事并没有实行直到李将军写信给政府催促他们这件事的必要性。

1865年3月13日议会终于通过了第14号军令，戴维斯总统也签署将它写入法律。军令在23号实行，但只征召到了数量有限的黑人。就在首都里士满即将沦陷时，有两个连还因此在街道上窝里斗。

陆军的处境很像独立战争时期的大陆军，是由州政府试图给予各自军队补给的，大部分陆军在任何时候都供给不足（但还是能赢得一些战斗的胜利）。补给缺乏统一的领导和铁路运输的支持，州政府又都不很情愿或者根本没有能力去提供充足的资金，这成了陆军的最大障碍并最终要了他们的命。

独立的指挥官不得不从任何可行的渠道“乞求，求借或盗窃”（beg, borrow or steal）食物和武器弹药，包括袭击联邦军的中转站和宿营地或者是那些不忠南部联盟的市民的家。李将军之所以进军宾夕法尼亚南部州很大程度上就是由于那里是一块富庶的农业产地。

所以， 威廉·谢尔曼的“完全恐怖战争”（total warfare）战术会得到相当一部分人的认可除了它可以加快战事的进展外，北部想要报复南方的上述强盗行为也是因素之一。尤其是在乔治亚州、南卡罗来纳州和弗吉尼亚州的雪兰多亚河谷实行的焦土政策所造成的毁坏程度远远超过北部曾经遭受过的，而且还使已经被海岸封锁的南部联盟连自己的普通民众都救济不了，更管不上陆军了。

在战争的任何时候（尤其在战事将尽时），陆军士兵一直被描述成饥饿和诱发疾病的代名词（实际上的确是这样），很多都是非战斗性减员。针对更多孤立的战争案例，食物的缺乏是作战失败的重大原因之一。