肇州县第二中学的历史从1944年3月1日开始，之后校名四次变更，校址三次搬迁，形成了国民高等学校、肇州中学、肇州二中三个历史时期。1959年8月分校后，肇州二中的历史又可以分为分校后的最初七年、文化大革命十年、重点校三十二年、省级示范高中初期四个阶段。（更多细节概述请翻阅参考资料）
2009年肇州县第二中学投资近2亿移址新建，新校址占地12万平方米，建筑面积66114.53平方米，主体工程已完工，2010年7月交付使用。从2007年开始，从浙江大学，东北师大，哈师大引进一批本科生和研究生，加盟肇州县第二中学教师团队。
肇州县第二中学在职教职工200多人，专任教师中硕士研究生5人，研究生课程班毕业6人。高级教师58人，省级教学骨干、能手11人，市级教学骨干、能手29人，市级以上先、优、模52人。
自1977年全国恢复高考后，高考成绩始终居地市上游。高考升学人数近万人，每年都有大批优秀学生考入清华，北大，浙大、人大、上海交大、复旦、南开、哈工大等国家“985工程”全国一流大学和“211工程”
全国重点大学。会考合格率都在98%，部分学科达100%。
2010年肇州县委县政府在全县开展了“关注民生、服务发展”群众满意单位评比活动。此次活动对全县116个单位和部门进行测评，这次活动共评出群众满意学校8个，该校名列榜首，并在2011年3月1日召开的全县党群、
政法工作会议上受到县委县政府通报表彰。
肇州县第二中学坚持“使所有学生成人成才”的办学理念，牢固树立“质量立校，科研兴校，特色办校，创新强校，”的办学思想，向科研和管理要质量，不断探索教育科学规律，改革教育教学方法，努力提高质量，提高学生的整体素质。
该校实行半封闭管理，制定了真抓实管、严抓细管、敢抓善管的
精细化管理目标，努力实现“让校园成为师生的精神家园”的美好理想，校园内歌声、音乐声伴着学生匆匆的脚步，课间排球、乒乓球、歌咏、乐器、书画大赛，彰显着魅力校园的勃勃生机。校学生会，文学社，联谊社等学生社团初具规模。