1965年，从北京电影学院导演系毕业后分配到长春电影制片厂。1977年，执导个人首部电影《希望》，从而开启了她的导演生涯。1979年，执导由霍福庆、杨俊英合作主演的戏曲电影《
包公赔情》。
1981年，执导戏曲电影《
桃李梅》，该片由王晓巍、王艳春共同主演。1982年，开始与
李前宽合作，并联合执导了剧情电影《
佩剑将军》。1983年，与李前宽联合执导剧情电影《
甜女》。1984年，与李前宽联合执导剧情电影《
黄河之滨》。
1986年，与李前宽联合执导剧情电影《逃犯》；同年，与李前宽联合执导剧情电影《
田野又是青纱帐》。1988年，与李前宽联合执导剧情电影《
鬼仙沟》。
1989年，与李前宽联合执导历史电影《开国大典》，该片获得第10届中国电影金鸡奖最佳故事片奖、第13届大众电影百花奖最佳故事片奖。1991年，与李前宽联合执导战争电影《
决战之后》（上下）。1993年，为了纪念毛泽东诞辰100周年，与李前宽联合执导了历史电影《
重庆谈判》，该片获得“华表杯”政府优秀影片奖、第17届百花奖优秀影片奖。
1995年，与李前宽联合执导历史电影《
七七事变》，该片讲述了1937年七七事变发生后，中国抗战开始的前后经过；同年，与李前宽联合执导剧情电影《
金戈铁马》。
1996年，与李前宽联合执导以抗日战争为背景的战争电影《红盖头》。1997年，与李前宽联合执导剧情电影《
旭日惊雷》。1998年，与李前宽联合执导剧情电影《
世纪之梦》。2000年，与李前宽联合执导战争剧《
抗美援朝》，该剧讲述了毛泽东带领中国人民解放军抗美援朝的故事。
2001年，与李前宽联合执导战争电影《朝鲜战争》。2006年，与李前宽联合执导古装剧《
传奇皇帝朱元璋》，该片由
陈宝国、
徐帆、
唐国强等联合主演。2007年，与李前宽联合执导古代传奇剧《
苍天圣土》。
2011年，与李前宽联合执导传记电影《
星海》，该片以冼星海在澳门的童年往事为主要内容。2014年，获得“美中文化交流特殊贡献奖”。2018年3月26日，获得WeLink国际电影节杰出贡献奖。2022年9月6日，第33届华鼎奖·上汽大众威然之夜终身成就奖在澳门公布。导演肖桂云获得此项荣誉。
肖桂云每拍一部影片，都以认真严肃的态度，力求有完整的艺术构思（《电影评介》评）。她是以拍重大题材见长的导演，她拍摄的为数不多的几部反映普通人生活的影片，也表现出非同一般的气魄和胆略，那就是勇于揭示社会矛盾 ，敢于给丑恶的现象曝光。她的电影创作，已经不再满足于能够有头有尾地叙述一个故事，她在创作中，在讲述故事时，还想做得更美，更具有诗情画惫，同时也尽量让观众在观赏时，能够得到一些哲理的思考。所以她场景的选择，在场面的调度和画面的构成时，都做到精心设计（《电影文学》评）。