自助值机系统，这种自助值机系统主要面向湛江出发的电子客票旅客，其操作方法与银行的自动取款机（ATM）、网上自助值机类似。旅客只要把第二代身份证放在自助值机系统提示处，系统便会自动搜索出持证人的证件号码和对应的航班信息（其它有效证件系统不能自动识别的，可手工输入证件号码），选择座位并打印出登机牌即可完成操作。

2014年2月25日，设置在广东湛江机场出发厅内的两台自助值机设备正式启用，持电子客票的出港旅客可在自助值机平台“刷卡”办理登机手续，此举将有效缓解人工换取登机牌的压力，同时大大方便旅客的出行。

旅客只要把第二代身份证放在自助值机系统提示处，系统便会自动搜索出持证人的证件号码和对应的航班信息（其它有效证件系统不能自动识别的，可手工输入证件号码），选择座位并打印出登机牌即可完成操作。自助值机与人工值机基本同步，旅客可在航班计划起飞时间前90分钟至40分钟之间办理。而“巡城马”观察一名旅客的操作，整个操作过程不到1分钟，既简单又快捷。

自助值机系统特别适用没有托运行李的出港旅客，而有行李托运的旅客也可以自助值机办理登机牌，但还需到值机柜台交运行李。

不过，目前湛江机场自助值机系统暂不适用春秋航空的旅客、香港航班的出境旅客以及婴儿、无人陪伴儿童和需特殊服务的旅客。