自然资源部第三海洋研究所（简称海洋三所）成立于1959年，是中华人民共和国自然资源部直属的国家公益一类综合型海洋科学研究机构，位于福建省厦门市。

1958年8月，福建省委、福建省人民委员会决定设立福建海洋研究所，由厦门大学会同福建省水产局负责筹备。

1959年8月，福建省科学委员会复函厦门大学党委，同意由福建省科学分院和厦门大学合办。11月，福建海洋研究所海洋生物研究室举行成立大会，标志着福建海洋研究所正式组建成立。

1961年11月，华东局科委决定，福建海洋研究所受华东分院和福建省科委双重领导。

1962年5月，中国科学院批准中科院福建分院海洋研究所更名为中科院华东海洋研究所。

1965年10月，国家科委批复，同意将中科院华东海洋研究所移交国家海洋局领导管理。12月，中科院华东分院和国家海洋完成交接，并由国家海洋局决定更名为国家海洋局第三海洋研究所。

2015年1月，研究所海洋监测技术中心通过实验室计量认证扩项评审。7月，研究所“国家核应急海洋辐射监测技术支持中心”成立。12月，研究所北海基地揭牌。

2016年4月，研究所与中山大学签署战略合作框架协议。

2017年12月，研究所与第二海洋研究所共同签署战略合作框架协议书。

2018年7月，研究所与厦门大学签署战略合作框架协议。9月，中央编办批复，同意将国家海洋局第三海洋研究所划入自然资源部，并命名为自然资源部第三海洋研究所。

2024年6月，自然资源部第三海洋研究所加入联合国“海洋十年”进校园联盟。

根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所有编制505人。截至2018年12月，在职职工444人，其中有中国工程院院士1人，享受政府特殊津贴专家4人，入选国家“百千万人才工程”2人，入选福建省“百千万人才工程”4人，厦门市拔尖人才4人，具有副高级职称以上科技人员160余人，具有博士学位人员160人。

中国工程院院士（1人）：徐洵（专职）

国务院政府特殊津贴专家（4人）：蔡锋、徐洵、杨丰、余兴光

国家“百千万人才工程”人选（2人）：邵宗泽、杨丰

根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所拥有10个研究部门（含自然资源部属2个重点实验室和1个工程中心），以及面向服务经济社会建设为主的厦门海洋工程勘察设计研究院。

自然资源部重点实验室（2个）：国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室、国家海洋局海洋-大气化学与全球变化重点实验室

自然资源部工程中心（1个）：国家海洋局海洋生物资源综合利用工程技术研究中心

所属研究部门（7个）：船舶管理中心、海洋放射性技术与环境安全评估实验室、海洋环境管理与发展战略研究中心、海洋生物与生态实验室、海洋化学与环境监测技术实验室、海洋动力学实验室、海洋与海岸地质实验室、海洋声学与遥感实验室

根据2019年3月图书馆官网显示，国家海洋信息中心海洋图书馆（文献馆）馆藏资源包括中文图书一万三千余册，西文图书一万四千余册，日文图书两千四百多册，俄文图书四千八百多册，西文特种文献两万三千余册，标准近五百份，版本一千余册，期刊合订本数量超过四万五千册，一千八百余件馆藏图件。

根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所保藏有十万多份生物标本，拥有国家级深海微生物资源库以及4500吨级海洋综合科学考察船“向阳红03”船。所属科学仪器共享平台有147台套仪器，总价值接近1.2亿人民币。

根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所先后与美、德、法、日等30多个国家以及中国台湾、香港等地区的有关机构建立了交流与合作关系。

2023年11月9日，发起成立国家海洋药物和生物制品产业联盟，当选为产业联盟第一届执行委员会当值主席单位。

根据2019年3月学信网显示，自然资源部第三海洋研究所先后承担完成包括国家“863”、“973”、自然科学基金、重大国家专项在内的纵向科研项目700多项，已发表论文1800多篇，其中SCI、EI收录近400篇，出版各类专著、大型调查报告百余部，获得国家自然科学奖1项，国家科技进步奖2项，省部级科技进步三等奖以上70多项，申请并获得授权专利100多项，部分成果达国际先进水平。

根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所博士后研究人员承担或参与国家级、省部级项目29项；获得国家自然基金项目5项、省级基金 1项，博士后基金5项，博士后基金面上特别资助1项；在SCI收录刊物上发表文章20余篇；申请发明专利8项。

2022年9月21日，“生态系统固碳增汇研究”项目在京启动。该项目由中国林科院林业科技信息研究所牵头，自然资源部第三海洋研究所等6家单位共同承担。

《应用海洋学学报》是自然资源部第三海洋研究所、中国海洋学会、福建省海洋学会主办，中国生态学学会海洋生态专业委员会协办，国家海洋局主管，中国国内外公开发行的全国性综合性海洋科学学报。《应用海洋学学报》是中国科技期刊方阵双效期刊、中国科技核心期刊、中国自然科学核心期刊，也是中国大陆、台湾地区以及美国、英国、日本和联合国等科技期刊数据库的收录期刊。

2014年4月，自然资源部第三海洋研究所获海洋工程咨询行业“十佳单位”称号。

2015年2月，自然资源部第三海洋研究所被授予“全国海洋科普教育基地”称号。

2017年4月，自然资源部第三海洋研究所国家海洋局海洋-大气化学与全球变化重点实验室获得人力资源社会保障部、国家海洋局联合授予中国极地考察先进集体称号。

2021年8月，自然资源部第三海洋研究所 “海中金冶 科技创新团队被命名为“第20届全国青年文明号“。

根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所建有博士后科研工作站，拥有1个一级学科硕士学位授权点和6个二级学科硕士学位授权点，并与清华大学、中国科技大学等高校联合招收博士研究生。

学术学位授权一级学科硕士点（1个）：海洋科学

学术学位授权二级学科硕士点（6个）：物理海洋学、海洋化学、海洋生物学、海洋地质、微生物学、环境科学

博士后科研工作站（1个）：自然资源部第三海洋研究所博士后科研工作站

根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所在读硕、博士研究生160多人；有硕士研究生导师35人。

根据2019年3月研究所官网显示，自然资源部第三海洋研究所持有国家级《检验检测机构资质认定证书》《ISO9001：2015质量管理体系认证证书》、甲级《建设项目环境影响评价资格证书》、甲级《工程勘察证书（海洋工程勘察综合类）》、甲级《工程设计资质证书（海洋行业-沿岸工程）》、甲级《测绘资质证书（海洋测绘）》、乙级《工程咨询单位资信认定-生态环境与建设工程及水运（港口河海工程）》和乙级《地质勘察资质证书（海洋地质调查）》等各类技术咨询服务证书。

自然资源部第三海洋研究所标识为同心圆设计，外部为研究所英文环绕表示，内部中心为变形为科考船形状的“海洋三所”文字表示，表示研究所的职责所在，下方为研究所成立日期。

促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。