臭水沟的形成是由于水中
氧气不足，
好氧微生物不能代谢分解
有机污染物，而使
厌氧微生物代谢产生甲烷、
二氧化碳等气体和其他有害物质，杀死微生物，形成恶性循环，从而形成了臭水沟。
每当闷热时节来临，曲折蜿蜒的臭水沟，宛如一条条毒蛇、水蛭一样，钻粘在繁华城市的每一个角落里，让这座美丽城市的血液，源源不断地被抽吸着。甚至在寒冷的冬季里，臭水沟便开始发标，那阵阵臭气透过重重井盖，把大街小巷都席卷而臭气冲天；在闷热的雨季里，暴雨倾盆狂灌，臭水犹如泉眼挤喷，把大路小巷都洗刷而狼狈不堪。
从环境学来讲，臭水沟是一种典型的生态失衡系统，简单说正常河流应该是绿水长流的，而一条臭水沟可以说丧失了其基本使用价值与美学价值。可是，如果想要将一条臭水沟还原，理论上还需要繁杂的步骤。
首先要切断污染源，停止向臭水沟排污，包括工业污水与居民废水，必要时候还要利用生态沟渠拦截污染较重的地表雨水。如果有必要时，还要进行底泥疏浚，臭水沟底部一般都会有大量污泥，如果不及时清理，即便换水时间一久也会出现问题。
其次要保证水体的流动性，要为水沟需求出路，使水沟流动起来，更加接近自然体系，也就是常说的流水不腐。为此，要对水中的污染物进行进化，一般来说单纯生物净化与恢复需要周期太长，因此必要时可以考虑换水，如果周边水源紧张，可以考虑对其水体进行曝气处理，辅之以生物浮岛等措施尽可能吸收利用污染物。
再有要充分恢复周边与水体中的植被，但是前提是必须在保证水体已经初步得到改善，植被能够存活。等水体机能初步恢复后，可以考虑放养鱼类，完善生态系统，建立完整的生物链。