根据《国务院办公厅关于印发全国各地出入境检验检疫机构组建方案的通知》（国办发[1999]59号），国务院有关部门设在舟山的出入境卫生检疫与进口食品卫生监督检验、动植物检疫和进出口商品检验机构（以下简称“三检”机构）合并组建中华人民共和国舟山出入境检验检疫局（正处级），为浙江出入境检验检疫局设在舟山的直属机构。实行由浙江出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制。

地址：浙江省舟山市临城新区海景道555号

（一）贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和日常监管等行政执法工作。

（二）负责实施所辖区域出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检等工作。

（三）负责实施所辖区域出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与日常监管工作，负责动植物疫情监测、调查和汇总报告等工作，实施动植物疫情的紧急预防措施。

（四）负责实施所辖区域进出口商品（含食品）的法定检验和日常监管工作，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。

（五）负责实施与所辖区域进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位卫生检疫注册有关的宣贯、受理、考核及日常监管，负责实施与进口安全质量许可制度相关的日常监管，负责实施与出口质量许可制度相关的宣贯、受理、考核及日常监管，负责实施产品和体系认证工作。

（六）负责实施所辖区域国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。

（七）负责实施所辖区域出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关适载检验、鉴定负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理等工作。

（八）负责执行国家、国务院有关部门和国家出入境检验检疫局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等，负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的具体实施工作。

（九）负责签发所辖区域出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理，负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。

（十）负责所辖区域的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况，提供有关信息。

（十一）承担对所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生除害处理机构的监督管理。

（一）办公室

协助局领导协调和处理全局日常工作，承担综合行政事务和工作督办；负责文秘、技术文件管理、机要、档案、保密、对外联络；组织重要会议；负责机关行政管理、会议管理、机关日常办公秩序管理。负责来宾的接待与接待管理；负责局内外网网页内容的维护等。

（二）政工处

负责指导全局的思想政治工作、精神文明建设和创建工作；负责局机关党务工作和共青团、工会等工作；负责局纪律检查和行政监察工作及信访工作；负责信息、宣传工作；负责全局公务员、事业人员和聘用人员的管理工作，承办干部职工的考核、录用、调配、任免、辞退、奖惩、职称、劳动工资等工作，协助局领导管理外事工作；组织和指导全局职工教育培训；负责退休人员的管理工作；负责职责范围内的局内网栏目维护。

（三）财务处

拟定并组织实施计划、财务、会计和基本建设的管理规章、制度；编制财务、专项计划及年度预决算；统一管理各类资金、专用基金；参与本系统计收费管理工作；负责财务内部审计工作。

（四）法制与综合业务处

负责检验检疫法律法规、规定、工作规程、行政执法监督稽查、行政处罚、行政诉讼、司法调查、法制教育政策研究等工作的组织实施和管理；负责检验检疫、监管、认证、鉴定等业务综合和工作流程管理；负责工作质量稽查以及重要情况、重要问题的调查处理；负责口岸协调工作；负责业务统计、调查、质量分析工作；负责内部质量管理体系的组织实施；负责封识管理及名牌商品、商标认定工作的组织协调和流通领域进口商品的监管抽查工作；负责组织分类管理工作；负责职责范围内的局内网栏目维护。

（五）科技认证处

负责全局科技发展规划、实验室建设规划的制定和实施；负责检验检疫标准制修订、科技情报、标准资料的管理；负责科技攻关、技术开发的协调和管理；负责全局仪器设备管理和政府采购的具体实施；负责进出口食品卫生注册、进出口安全质量许可、出口商品对国外注册、进出口商品质量及管理体系的认证认可等工作的组织实施和管理；负责实验室认可、计量认证工作的管理；负责涉外检验、鉴定、认证的监督管理；负责职责范围内的局内网栏目维护；配合查处违法、违规案件。

（六）卫生检疫处

负责出入境卫生检疫、传染病监测和口岸卫生监督、国内外有关传染病疫情信息管理，制订落实防控措施；负责出入境人员预防接种和传染病监测的卫生检疫证书签发；负责废旧物品、修理轮和来自疫区的运输工具检疫和监管；负责交通工具的适载性鉴定；负责进出口保健品、化妆品的检验检疫；负责管理口岸“消、杀、灭”及行业管理工作；负责出入境尸体、棺柩、骸骨及微生物、生物制品、人体组织，血液及其制品的审批、检疫签证；负责重大卫生检疫、食品卫生监督，食源性疾病发生等口岸突发公共卫生事件的调查和处理工作；负责组织实施口岸媒介生物调查、控制工作；负责口岸涉外卫生许可的组织和实施；配合查处违法、违规案件。

（七）食品检验监督处

负责出口水产品（活水产品除外）及进出口食品、罐头制品和调味品的检验和日常监管工作；负责出口食品的标签管理；负责出口食品生产企业（卫生注册登记企业）的后续监督管理工作，配合科认处做好出口食品生产企业的卫生注册登记的考核；组织或配合相关部门查处违法、违规案件。

（八）动植物检验检疫处

负责出入境动植物及动植物产品（含活动物、入境动物产品、饲料及其添加剂、中药材及中药材原料）和其他应检物的检验检疫和监督管理；收集通报动植物疫情信息，负责实施装载动植物、动植物产品和其他检疫物的装载容器（笼、筐、袋、箱等）、包装物、铺垫材料的动植物检疫（船舶验仓、集装箱适装性检验除外）；负责实施进出境木质包装箱，木托盘的检验检疫；承担有关法律、行政法规、国际条约规定或者合同约定有检验检疫要求的相关货物的动植物检疫；做好相关出口生产、加工、仓储企业检验检疫注册登记考核工作；做好相关企业的日常监管和行业管理工作；负责动植检实验室的日常工作；负责动植物疫情截获的上报工作；负责舟山辖区内动植物疫情的调查工作；配合查处违法、违规案件。

（九）机电轻纺检验处

负责进出口机电仪、轻工、纺织品、服装、工艺品、化矿产品、金属材料、成套设备及进口废旧物等商品的法定检验和日常监管工作；负责分管商品的进出口安全质量许可的后续监督管理；配合科认处做好分管商品企业的质量许可考核；负责外商投资财产鉴定工作；配合查处违法、违纪案件。

（十）鉴定管理处

承担油品的检验鉴定，承担其他大宗产品的数重量鉴定；负责进出境出口纸箱、危险品包装和食品包装的检验鉴定；牵头负责管理其他鉴定业务（如残损鉴定）；配合查处违法、违规案件。

（十一）检务处

负责出入境检验检疫证书证单的签发工作;负责检验检疫报检、计费、签证、放行及流程管理；负责普惠制原产地证和一般原产地证的签发工作；负责检验检疫证单和业务用印鉴管理；负责报检单位及报检员管理；负责对CIQ2000系统的维护、电子监管和视频监控的推广、应用和维护、局各项工作的软件开发维护、内外网和OA系统的技术支持；配合有关部门查处涉及检验检疫证单、产地证书的违法、违规案件。

（十二）岱山现场办

负责岱山本岛出境货物的检验及卫生注册登记企业及质量许可证企业的后续监管工作；配合查处违法、违规案件。

设立舟山出入境检验检疫局综合技术服务中心，下设三个部门

（一） 舟山出入境检验检疫技术中心

承担辖区内出入境检验检疫的实验室检验检测、研究咨询、技术开发、技术培训、技术交流与合作；承担科研与技术开发、服务，提供技术指导，开展有关检验检疫方法标准的制订、修订工作；负责动植检实验室的体系管理；按照有关规定，承担委托检验、鉴定和非法定检验检疫、鉴定和检测实验；承办上级检测机构交办的有关任务。

1、水产品实验室

主要职责：承担进出口水产品、农产品的检测，接受其他机构、团体和个人委托的水产品及农产品的检测。

2.石油及石油产品实验室

主要职责：承担进出口石油及石油产品的法定检测，接受其他机构、团体和个人委托的石油及石油产品的检测。

（二） 浙江国际旅行卫生保健中心舟山分中心

开展传染病监测与健康体检、国际旅行预防接种、卫生保健咨询和宣传、医疗保健门诊、健康证明书和国际预防接种证书等相关证明文件的签发、检疫监测传染病的流行病学调查和疫情的上报、卫生检疫技术科研开发与技术服务等业务。

（三） 机关服务中心

主要职责：承担机关后勤保障服务和机关委托的行政事务工作，负责机关的安全保卫工作。

负责六横辖区内的出入境检验、检疫、鉴定及卫生注册登记企业及质量许可证企业的后续监管工作；配合查处违法、违规案件

2017年11月，舟山出入境检验检疫局获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。