航运企业是既要符合《
中华人民共和国公司法》及其相关行政法规规定的法定条件，也要满足《
中华人民共和国水路运输管理条例》规定的以船舶运输为经营项目的企业。
市场部
航运公司围绕船舶运输，以市场为导向，首先进行航运市场的信息调研、市场细分；然后选择目标市场，进行市场开拓，即确定航线布局，合理配置船舶，安排班期密度制定价格，建立揽货网络和分销渠道，开展促销活动。
运输部
负责自有或租入船舶运行计划的编制和监督执行，负责船舶生产调度；掌握船舶动态，保证船舶不断地进行生产；及时与港口及有关部门联系，掌握船舶在港口的作业安排情况，及时掌握气象和水文情况，确保运输生产的安全和高效率。
技术部
负责企业船舶订造、船舶修理、船舶技术设备的维护与保养，船舶的技术改造与更新，船舶节能工作，航海及轮机技术的应用推广，船舶技术资料的管理，船舶海损、机损事故的处理和统计分析等。
人力资源部
负责干部的选拔和技术干部的评定与聘用，船员的调配与管理，高级船员晋级训练和普通船员的培训安排，企业一般员工的招收、录用、管理、劳动保护、外事以及发展培训工作。
物资供应部
负责制定各类船舶对各类物资的消耗定额，负责物资的采购及库存管理；适时适地向船舶供应所需的物资，进行物资消耗的统计分析及提出改进措施。
航务监督部
负责船舶安全监督、海事处理、环境保护、船舶驾驶员的技术考核和海图管理工作。
财务部
编制企业全年经营经营业务的财务收支计划和运输成本计划，负责企业全面的的经济核算，负责企业资金的统筹管理及协助、配合经营计划部制定长期、中期发展规划。
经营计划部
负责企业内、外部经营环境的分析研究，制定企业发展战略；组织编制企业中、长期发展规划和年度综合经营计划；编制并下达船舶运输年度计划，船舶购置，基本建设，技术改造及更新的年度计划，组织有关部门制定完成计划的技术组织措施，促进计划的全面的实现。
信息部
负责航运信息系统需求分析，航运信息系统的设计、开发、航运信息系统的维护、升级；航运电子商务的方案研究，航运电子商务网站的建设、维护、以及业务的推广和航运信息的收集、处理、分析及发送。
行政部
负责协调企业各部门之间的关系，围绕企业领导的工作重心好而发展方向，协助领导进行调查研究，当好参谋；做好企业的文秘工作、对外接待工作和后勤事务管理工作。