1996年，执导个人首部短片《Montre-moi》。1998年，担任喜剧短片《Caresse》的导演。2000年，自编自导自演爱情喜剧电影《
露西的阳光恋人》。2004年，执导由Isabelle Pirès、
Veroushka Knoge共同主演的剧情电影《两个女孩的爱情习题》。
2006年，自编自导自演喜剧电影《
地址变更》，该片讲述了一个男的几次换地方住最后才发现原来最真的爱情一直都在身边的故事，入围第19届东京国际电影节主竞赛单元最佳影片。2008年，执导由
维吉妮·拉朵嫣主演的爱情喜剧电影《
请吻我》。2009年，自编自导自演喜剧电影《
讨我欢心》。
2011年，自编自导自演爱情喜剧电影《
爱的艺术》，该片讲述了人们开始恋爱的时候心中总会编写出一支特殊的乐曲的故事。2014年，执导由
乔伊·斯塔尔、维吉妮·拉朵嫣、
杰丝敏·特丽卡联合主演的喜剧电影《
换个人来爱》，该片入围第66届洛迦诺国际电影节金豹奖。
2015年，执导并与
维尔日妮·埃菲拉、
阿娜伊斯·德穆斯蒂埃联合主演爱情喜剧电影《
反复无常》，他在片中饰演一介名不见经传的小小老师克莱蒙特。2018年，执导由
塞西尔·德·弗朗斯、
埃德瓦·贝耶共同主演的爱情电影《
容基耶尔女士》，该片提名第44届法国凯撒电影奖最佳改编剧本、第43届多伦多国际电影节站台奖。
2020年，由其执导的爱情电影《
所言所行》上映，该片由
卡梅丽雅·乔丹娜、
尼尔斯·施内德合作主演，获得第26届法国电影卢米埃尔奖最佳影片，他凭借该片提名第46届法国凯撒电影奖最佳导演。
2022年，执导由
桑德利那·吉贝尔兰、
樊尚·马凯涅合作主演的爱情电影《
短暂的偷情纪实》，该片讲述了单身母亲夏洛特和已婚男子西蒙为满足欲望而偷情，进而陷入感情漩涡，但最终只交往了短暂的几个月就分手了的故事，入围第75届戛纳国际电影节酷儿棕榈奖。
2024年，执导由
卡米尔·科坦、
莎拉·弗里斯蒂、
英迪亚·海尔联袂主演的爱情电影《诚实的女人》。7月23日，执导的爱情电影《诚实的女人》入围第81届威尼斯国际电影节主竞赛单元。
在电影《所言所行》中，尽管埃马纽埃尔·穆雷忍不住想要把该片打包成一个简洁的小包，就像其他一些缺乏创造力的同类电影一样，但该片仍然设法以一种意想不到的方式结束，让人感觉恰到好处，不愿安于一个整洁的结局，对接下来可能发生的事情持开放态度（indiewire评）。
爱情和运气的游戏，情感的反复，以及不可避免的欲望、快乐、秘密和抵制诱惑的斗争、道德要求、内疚、压抑和冲动等，这些领域一直让埃马纽埃尔·穆雷着迷，这位法国电影人一直以他高度个人化、健康的风格来探索这些领域，在培养智力刺激基调的同时，诙谐幽默。其特点是起起落落，但有时会避免将严肃的主题戏剧化（Cineuropa评）。