节蒴木科是被子植物门 十字花目的一个分科。这也是由中国学者命名并被APG系统 接受的第2个被子植物科。另一分科为鞘柄木科 。

传统分类学中，十字花目的山柑科是一个异质性程度非常高的类群，2000年以来已有多个属从该科中分出而被归于其它科。节蒴木属虽然一直被放在山柑科内，但由于形态学性状独特，系统位置和分类等级一直存在争议。

中科院植物研究所系统与进化植物学国家重点实验室陈之端研究组选取十字花目12科39属57种的研究材料，利用4个叶绿体分子标记进行了这一类群的系统发育分析，并首次对节蒴木属的孢粉学进行了研究。系统学分析结果显示，节蒴木属应该从山柑科中分离出来。节蒴木属虽和木犀草科、斑果藤属等4个分类群关系较近，但它具有一些独特的形态性状，包括对生叶、不明显的柱头、线状的子房、穴状的花粉外壁等。

鉴于节蒴木属与其近缘的分类群存在显著的形态差异，结合分子系统学的研究结果，研究人员将该属提升至科的分类等级——节蒴木科（Borthwickiaceae J. X. Su, Wei Wang, Li Bing Zhang & Z. D. Chen）。上述研究结果于2012年6月在国际植物分类学学会的专门期刊Taxon（61: 601-611）上正式发表，并已被被子植物系统发育网站（AP-Web）所引用。