流域面积1507.09平方公里，干流长度57.28公里，洪水流量16600秒立方米。平均坡度为1 : 285，流经花莲县吉安乡，
寿丰乡，万寿乡，
凤林镇，
光复乡，秀林乡，万荣乡，花莲市。出海口有花莲溪出海口自然生态保护区，北起阿美文化村北侧防波堤，南至台十一线八公里处，也就是花莲溪出海口约五百公顷的范围区内。花莲溪口位处河、海、山交界处，也正是生态交会处，物种资源丰富，计有一百七十种鸟类，十九属二十二种鱼类。
花莲溪为发源于拔子山西北坡之乌大开溪，沿纵谷平原在万荣冲积扇与花莲溪主流汇合往北，其间加入了
寿丰溪，并于大花莲冲积扇前与木瓜溪合并，终而入海。木瓜溪与花莲溪合流处，形成广大之复合冲积扇.寿丰溪下游形成一大冲积扇，扇顶在西林附近，海拔约 200 公尺以上。万里溪中、上游呈连续之峡谷地形，森板村以下之下游形成万里冲积扇，与南邻马鞍冲积扇相接。马鞍溪上游呈南北向纵谷，中游呈东西向之横谷，下游形成冲积扇。