苍南县科技局贯彻执行党和国家、省、市有关科技法律、法规和方针、政策；制订全县科技管理和知识产权保护方面的政策和措施，并组织实施；组织制订全县中、长期科技发展规划和县级科技计划；负责管理、分配县级科技三项费用。同有关部门研究制定全县科技体制改革和技术创新的政策和措施；负责指导技术市场、科技中介机构、科技研发机构；组织协调技术贸易活动；负责全县科技创新体系工作，推动科技服务体系建设。

苍南县科技局组织全县工业、农业、社会发展和软科学研究等科技计划的编制与实施；组织实施国家、省、市下达的科研“攻关”、“火炬”、“星火”、“新产品试制”、“科技成果推广”等科技计划项目；组织省、市研发创新机构申报工作；组织科技型中小企业技术创新基金项目及国家农业科技成果转化资金项目的申报和实施；负责省、市高新技术企业的申报工作；协助县府对全县科技型企业认定工作。促进专利实施和推广工作；配合上级专利管理部门对全县专利执法。

根据上述职责，市科技局内设7个职能科室。

办公室

负责局机关后勤工作；管理全系统行政经费、自然科学事业费、科技三项经费；负责机关财务、接待工作。

政工科

负责全系统综合协调、党务、政务、人事、文秘、扶贫、实绩考核、工青妇、体制改革等工作。

农牧业科

负责全市农牧业项目的筛选、审核、论证、立项、申报工作，并组织实施、检查、指导；负责国内外先进农牧业新技术、新成果、新材料的引进、试验、示范工作；负责全市农村牧区科技培训工作；负责农牧业科技园区的认定、管理工作；负责农牧业科技方面的调查、统计、规划编制等工作；组织、牵头农牧业科技特派员工作的规划、计划、总结、督促、指导、协调等工作。

高新技术产业科

研究全市工业领域高新技术发展及产业化的政策措施；组织提出工业领域高新技术发展规划和计划；组织实施国家、自治区和全市科技攻关计划、工业领域科技项目、高新技术园区、高新技术产业开发区和工业科技园区的有关工作；组织、牵头企业科技特派员工作的规划、计划、总结、督促、指导、协调等工作。

技术市场管理科

贯彻实施有关技术市场的法律、法规，管理监督全市技术贸易机构，进行年度检查，培育全市技术市场，发展科技中介组织，进行技术贸易情况的统计、分析、上报等工作。组织、申报、实施社会领域的国家、自治区重大科技计划、科研项目；组织、管理、指导社会领域的科技工作；承担社会领域的医药卫生、节能减排、循环经济方面的科技工作以及协调、联系863计划的组织、申报、管理工作；负责自然科学基金计划及基础研究规划方面的工作。

知识产权科

贯彻执行国家关于知识产权有关工作的方针政策、法律法规，研究提出加强我市有关知识产权保护工作的措施办法；做好有关知识产权必要的协调工作；研究制定我市专利工作发展规划和专利信息网络规划，并组织实施；负责全市专利转让、专利贸易许可，专利权质押，专利广告的出证管理工作，负责并指导旗县市处理专利纠纷和查处冒充专利行为的工作；负责全市专利代理机构、人员资格的审报；组织推动《中华人民共和国专利法》及有关法规的宣传普及工作；制定有关专利工作的教育与培训规划；负责有关专利和知识产权的统计和档案管理等工作；负责全市科技奖励工作。

计划成果管理科

研究全市科技发展战略，编制全市中长期科技发展规划和科技项目计划；负责全市各类科技计划的协调和配置；负责各类科技计划的呈报、下达、汇总、验收、统计；负责全市科技成果的鉴定、验收、评审、登记。