茂林区为台湾少数民族鲁凯人的居住地，旧名“多纳”，即
闽南语“屯子”之音译。日治初期，此地台湾少数民族因不堪
日本人的统治，因而联合各社族人起而反抗，虽然杀死多名日警，但山刀及弓箭终究难敌枪炮，在日军优势的火力下，各社台湾少数民族被迫投降。此次事件被日本称为“屯子役”，便沿用屯子的原音“多纳”为此地地名，在
1920年的地方改制中则划归
高雄州旗山郡管辖。战后初期沿用原名，设置多纳乡，
1957年改为茂林乡，2010年12月25日改为茂林区。
2010年3月4日时，茂林区发生
2010年高雄地震，规模6.4，是自1900年以来高雄所纪录过的最大地震。