药师寺长忠（？—1507年9月7日），药师寺元长之子，细川家臣，摄津守护代。
1501年，显赫一时的“半将军”细川政元宣布隐居。他的两个养子，细川澄元和细川澄之，分别得到了细川氏不同派系的家臣拥护，双方为争夺家督继承权，展开了一系列明争暗斗。
1504年9月，长忠的兄长药师寺长一宣布拥立细川澄元，在淀城举兵造反。6天之后被细川政元镇压，长忠继任药师寺家家主以及摄津守护代，药师寺家转向支持细川澄之。
1507年6月，在已知继承无望的情况下，细川澄之收买政元的警卫，派人刺杀了细川政元，在香川元长和药师寺长忠等人的支持下，击败细川澄元，将他驱逐出了京都。细川澄元的家臣三好之长，联合阿波细川氏庶流细川高国出兵入京，畿内的势力大多数倒向了高国一方。
大约过了四十日之后的永正四年八月一日，药师寺长忠坚守的茨木城陷落，长忠战死。身为细川高国家臣的药师寺长一之子万德丸（药师寺国长），在讨伐叔父的战斗中战功卓著，继任家主，次年担任摄津守护代。