莫梅特‧阿里‧阿加（Mehmet Ali Ağca），1981年5月13日，
若望·保禄二世在进入
圣伯多禄广场准备演讲时被一名
土耳其狂热穆斯林枪手莫梅特‧阿里‧阿加（Mehmet Ali Ağca）企图暗杀。
若望·保禄中了两枪，但子弹差分毫，并未击中身上要害。经六小时手术后脱离危险。1983年圣诞前两天，若望·保禄痊愈到监狱探望行弑他的刺客。二人私下谈话片刻，但对话内容至今没有公开。不过，有人在阿加的住处找到一张“我要杀死十字军首领”的字条。
谋杀的动机从来没有被发现。有人认为是苏联方面派来谋杀他的，目的是为了保持华约国家（特别是波兰）的稳定。其他人则认为可能是梵蒂冈内部不满若望·保禄二世担任教宗的人士策划。最后，没有任何的证据被发现，最后只好以阿加只是想吓吓教宗定案