吉林莫莫格国家级自然保护区位于吉林省白城市镇赉县，汹涌嫩江与温柔洮儿河交汇处，总面积144000公顷，东与黑龙江省隔江相望，北与内蒙古毗邻，是科尔沁草原上一颗璀璨明珠，是人人向往、仙鹤迷恋、神秘而古朴的人间仙境，鸟类天堂。区内河流纵横、湖泡洼地星罗棋布，生境复杂多样，主要有河滩苔草湿地、湖滩洼地芦苇湿地以及碱蓬盐沼等，为国家AAAA级旅游景区。

1981年3月吉林省人民政府吉政函[81]27号文件批准建立省级自然保护区。

1994年被国家环保总局列入中国第一批湿地名录。

1997年12月8日国务院国发[1997]109号文件批准晋升为国家级自然保护区。

2001年1月18日国家林业局林计发[2001]19号文件批复了《吉林莫莫格国家级自然保护区总体规划》。

2001年11月13日吉林省人民政府第136次专题会议，研究了吉林莫莫格国家级自然保护区管理体制和湿地保护问题。会议决定：“将原来由省林厅和镇赉县政府双重管理以地方管理为主的管理体制，调整为仍采取双重管理，但以省林业厅管理为主的管理体制”。

2002年3月1日吉编办[2002]16号文件批复，吉林莫莫格国家级自然保护区“为隶属于吉林省林业厅的全民所有制事业单位，按相当于处级规格待遇，列事业编制53名，财政全额拨款”。

2013年10月被国际湿地公约组织正式列入国际重要湿地名录。

莫莫格国家级自然保护区位于吉林省西部，镇赉县境内，是典型的湿地类型保护区，也是中国候鸟东部迁徙区北部水鸟的主要迁徙途径地。其地理坐标为北纬45°42′25″－46°18′0″，东经123°27′0″－124°4′33.7″。总面积144000公顷，东与黑龙江省杜尔伯特、泰来县隔嫩江相望；南以洮儿河为界，与吉林省大安市相邻；西北和本县的丹岱、五棵树、哈土气、东屏、岔台乡的部分地域接壤。

植被类型大致可划分为：湖泊植被、沼泽植被、草原植被、固定沙丘植被、人工林植被及农田植被。植被主要以小叶樟为主，混有多种苔草、灯心草、泽泻、慈茹、水木贼等；芦苇沼泽植被以芦苇为主，混有水葱、三棱蔗草、灯心鹿草、香蒲、狭叶香蒲、酸模叶蓼植物。

保护区属温带大陆性季风气候。其特点为：春旱风大，夏热多雨、秋燥凉爽、冬寒雪少。平均温度4.2华氏摄氏度。太阳辐射处均总量为124.71千卡每平方米。初霜期平均为9月25日左右，终霜期平均为5月10日，全年无霜期为137天。

水利资源十分丰富。嫩江流经东区111.5公里，流域面积3万余公顷，年平均流量647.36立方米/SEC，洮儿河流经东区60公里，流域面积7万余公顷，年平流量14.47立方米/SEC，东区尚有两条季节河，即二龙涛河、呵尔达河，分别注入洮儿河与嫩江。该区年降水量为391.8厘米。

土壤可分为7个土类17个亚类。沿江、河地区的草甸土，黑钙土和冲积土为主要土类，中部及中西部则分布为淡黑钙土、风沙土。

莫莫格保护区地质上属松辽沉降带的北段 , 呈现出嫩江及其支流冲积、洪积低平原地貌。该区西北高，东南低，区内地势平坦，相对高差2-10m，一般坡度为50，最大坡度150。

保护区内植物资源比较丰富，据初步统计，种子植物约有600种，其中经济药用植物有361种，分属于77科中。

全世界有鹤类15种，保护区有6种，分别为白鹤、丹顶鹤、白头鹤、白枕鹤、灰鹤、蓑羽鹤，其中丹顶鹤、蓑羽鹤、白枕鹤在本区繁殖。白鹤属鹤类之中的优势种，在此迁徙数量达550多只，停歇时间约70天左右。保护区有鹳类两种，即东方白鹳和黑鹳。莫莫格保护区野生动物资源丰富多样，其中，两栖类有1目3科6种。爬行类有2目4科8种。鱼类有4目11科52种。兽类有4目11科29种。鸟类有298种，分属于17目50科，其中雀形目126种，非雀形目鸟类172种，非雀形目鸟类占全区鸟类的57.72%，其中湿地水鸟120种。

该区生态景观分为江河湖泊水域湿地、苔草小叶章湿地、芦苇沼泽湿地、碱蓬碱草湿地。在14.4万公顷保护面积中，水域2.67万公顷，芦苇苔草沼泽7.73万公顷，草原1.5万公顷，天然次生林和人工林1.16万公顷，其它用地1.34万公顷。湿地面积占全区总面积的百公之八十以上，为在吉林省最大的湿地类型保留地。

主要保护对象是鹤、鹳类，天鹅等珍稀濒危物种以及它们赖以生存的栖息环境。在296种鸟类中有国家一类保护鸟类10种，即丹顶鹤、白鹤、白头鹤、大鸨、白鹳、黑鹳、金雕、白尾海雕、玉带海雕、虎头海雕；二类保护鸟类大小天鹅、鸳鸯、白鹭、白枕鹤、灰鹤、蓑羽鹤、大、草原雕、乌雕、猎隼、矛隼、雕 、雪鸮等四十余种；其它有观赏价值的鸟类如海鸥、银鸥、蒙古百灵、凤头百灵、角百灵、沙百灵、短趾沙百灵、灰椋鸟、太平鸟、寿带、黄胸鹀等几十种。鸟类组成以湿地水鸟为主，对吉林省乃至东北地区鸟类组别成特色，具有重要作用。

吉林莫莫格国家级自然保护区是中国重要的候鸟繁殖地和迁徙候鸟的停歇地，计有大鸨、丹顶鹤等116种夏候鸟在此繁殖，具有重要的保护和科研价值，是白鹤迁徙通道上的重要停歇地，每年春秋两季在莫莫格湿地停歇的白鹤数量稳定在500-800只左右，全年停歇期约90天。

莫莫格国家级自然保护区是典型的湿地类型保护区，全区总面积14.4 万公顷，其中湿地面积占全区总面积的80%以上，湿地综合评价指标名列全省第一，是吉林省最大的湿地保留地，被誉为吉林西部之肾，在国际湿地上占有重要地位。

2021年2月5日，被中国林学会命名为第五批全国林草科普基地，有效期为2021年～2024年。