由李家活佛阿旺曲加建于清康熙三十三年（1694）。原设有参尼、居巴、丁科、曼巴四个仓和印经院，规模较大。同治年间毁于兵燹，民国七至九年重建，仅有参尼扎仓，另有李家拉让（活佛府邸）、吉哇拉让、管家米家昂及张家昂等。1954年有僧房120间，土地 80亩，寺僧11人，1958年拆毁。1985年批准开放，翌年重修小经堂1座3间，有寺僧2人。
原寺主李家佛，第一代系民和李土司家族人，死于内蒙古
察哈尔。该系统共转九世，本世名阿旺丹贝坚赞，互助南门峡人，1982年病故。该寺第二位活佛李家夏茸—— 第一世
丹达喇嘛，曾获“格西”学位而得到转世资格。第二世俗名李海山，
马场垣乡下川口新庄子人，1911年生，1958年后还俗。
莲花台寺原有属寺10余座，其中在
民和县境内的有
川口镇的
无量寺、龙山寺、雷音寺、
广隆寺，马场垣乡的广济寺、
广修寺，北山乡的
增福寺、
广福寺，
松树乡的广惠寺，
中川乡的广阙寺，
官亭镇的
吕家寺等；在
乐都县境内的有
马营乡脑
庄村的甘沟寺和马厂乡的查沟寺等，属寺虽多，但一般规模不大。
莲花台寺原来每年集会4次，称作“四大观经”。其中，正月观经，即
宗喀巴首创的祈愿法会，自十三日至十六；六月观经又称六月供养法会，自初五日至初八日；十月观经，即纪念宗喀巴圆寂的五供节，自二十四日至二十九日；腊月观经，即年终施食供养会，自腊月二十四日至三十日。
此外，每年向属寺定期派出僧人，主持各寺法事活动。该寺原来主要获得布施收入的香火地有4个地区，当地称之为“四大经阙”，即川口经阙（包括马场垣一带）、享堂经阙（包括北山疙瘩等村）、史纳经阙（包括北山庄子沟一带）、松树经阙（包括米拉、松树、巴州三沟，总称米拉三沟）。