《菌物学报》是1982年创办的中文学术期刊，曾用名《真菌学报》，月刊，中国科学院主管，中国科学院微生物研究所、中国菌物学会主办。

1982年，《真菌学报》创刊，英文刊名为《Acta Mycologica Sinica》，季刊。

1997年，学报更名为《菌物系统》，英文刊名为《Mycosystema》。

2004年，学报更名为《菌物学报》，英文刊名为《Mycosystema》。

2008年，学报改为双月刊。

2014年，学报启用新的网址及稿件采编系统。

2015年，学报入选原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊名单。

2016年，学报改为月刊。

《菌物学报》设有菌物系统分类学及菌物多样性、菌物资源开发利用、真菌生态及生物防治、菌物共生作用、真菌毒素、致病真菌、菌物学研究的新方法、新技术等栏目。

学报主要刊登菌物系统分类学、菌物分子与细胞生物学、菌物区系地理学、菌物多样性及资源开发利用、动植物病原菌物学、医学真菌学、食用和药用真菌学等方面的研究论文。

学报主要读者对象是菌物学工作者及农、林、医、轻工等科研、教学和技术人员。

根据2018年5月学报官网显示，《菌物学报》编委会拥有顾问4名、编委38名及外籍编委6名。

顾问：魏江春、廖万清、李玉、庄文颖

编委：边银丙、崔宝凯、范黎、葛再伟、国立耘、郭守玉、郭顺星、黄勃、黄晨阳、金城、康冀川、康振生、李东明、李若瑜、李少杰、李泰辉、梁晨、刘钢、刘宏伟、刘润进、刘伟、陆玲、吕国忠、牛永春、邱君志、申进文、图力古尔、文华安、吴文平、向梅春、邢晓科、姚一建、张劲松、张克勤、张修国、张永杰、郑维发、朱平

外籍编委：AHTI Teuvo、BINDER Manfred、HAWKSWORTH David、LAPORTA Nicola、WANG Zheng、XU Jian-Ping

根据2018年5月学报官网显示，《菌物学报》被Index Copernicus、CA （美国“化学文摘”）、Abstracts of Mycology （美国“菌物学文摘”）、Index of Fungi （英国“菌物索引”)、Review of Plant Pathology（英国“植物病理学文摘”）、Bibliography of Systematic Mycology（英国“系统菌物学文献目录”）、Bibliographie der Pflanzenschutzliteratur（德国“植物保护文献目录”）、中国科技信息研究所数据库（CJCR）、中科院文献情报中心《中国科学引文数据库》（CSCD）、《中国学术期刊文摘》、《中国农业文摘》、《中国生物学文摘》、北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》等收录。

根据2018年5月1日中国知网显示，《菌物学报》出版文献量为3519篇。

根据2018年5月1日万方数据知识服务平台显示，《菌物学报》出版文献量为117篇。

根据2018年5月1日中国知网显示，《菌物学报》总被下载623470次、总被引43748次，（2017版）复合影响因子为1.405、（2017版）综合影响因子为1.045。

根据2018年5月1日万方数据知识服务平台显示，《菌物学报》载文量为2462，被引量为24129，下载量为43135。2015年期刊在全部统计源期刊（6735种）中排名第715名，在生物科学（93种）中排名第11名；2015年期刊影响因子为1.19。

2012年、2013年、2015年—2017年，期刊五次被评为“中国国际影响力优秀学术期刊”。

2017年，学报入选“第四届精品科技期刊”。

促进中国国内外学术交流，繁荣和发展中国真菌科学。