微生物技术的突飞猛进加速了微生物制药的全面发展，迎来了“菌药”的全新时代，将天然药物（中药）提取液以优选的有益菌群中的一种或几种益生菌作为菌种，依据微生物技术，通过植物嫁接的方式，对中药进行天然修饰和转化，以避免药物对人体肌体组织和器官造成功能性或器质性损害（药源性疾病），提高药物效果和效率的新型药物称为菌药。

“菌药”的发酵过程，其实就是微生物在其培养基（中药）上生长繁殖的过程，在这个过程中，细菌吞噬吸取培养基的营养成分，将这些成分在体内进行融合、转化，形成新的物质。经过反复筛选，这些新物质在效用上远大于原来的中药。就像利用粮食酿出的酒一样，酒精的分子结构已经和粮食大不相同了。微生物对中药材的这种生物转化不仅是一种提纯，更是在分子结构上的一种优化。“菌药”的这种生物转化是它区别于以往药物的关键。

国际上菌药的定义是，只有利用微生物技术对活的、有足够数量并对宿主有益的微生物菌种与有效药物的合成才能称之为菌药。常用“两个标准”来判断菌药是否有效。

所有菌药的功效是以“菌种”为准的。菌种退化会导致菌丝体生长缓慢，对环境、杂菌等的抵抗力变弱，因此菌药的基础菌种必须及时更新换代。

人体的吸收功能是有限的，因此制成菌药的生物活性越高对人体的作用越大。在菌药进入人体发挥作用的过程中会经过一段漫长的过程，只有生物活性高的生物体才能有效。

第一代“菌药”第二代“菌药”时期20世纪及以前21世纪制备工艺以简单原料为培养基的微生物发酵法以中药配方为培养基的微生物发酵法特点效果单一效果全面

自90年代初以来，形形色色的菌药风靡了整个世界。与此同时，“菌药”的研究业已成为国际上的热门研究课题。而“菌药”的异军突起给我们带来了新的希望。通过不同的微生物在分子水平上的代谢转化、修饰得到全新的结构，不但增加了新适应症，而且变废为宝，从而扩大了治疗范围；另一方面通过微生物的发酵转化，增加了药物的活性，从而使药效大大增强。

21世纪菌药领域走在前列有宝曲，它是科学家利用特定微生物发酵产生的。宝曲是以三种中药三七、川芎、银杏叶为培养基，利用红曲菌发酵获得的，克服红曲菌单一的降血脂特点，具有作用全面的优势。