中国近代思想家的
哲学论文。原为《儒术真论》的附录。写于清光绪二十五年(1899)，同年秋发表在《
清议报》第28～30册上。
《菌说》的主旨是宣传思想，批判宗教有神论。文中指出：万物都由原子组成的。章太炎运用近代生物学的最新成果，详细阐述了生命现象的开端以及由低级到高级、从简单到复杂的生物进化序列，指出从无机界到有机界，从低等生物到人类的发展，是一个自然历史过程。在章太炎看来，万物都由原子组成。”相易相生相摩，渐以化为异物”。生物是“递变”地从草木进而生蜃蛤水母，再递进“为甲节，为脊骨，复自鱼以至鸟兽而为猿、狙、猩、狒，以至为人”。在探讨人类社会进化问题时，章太炎继承荀子“明分使群”的思想，强调人类群体对环境的能动作用。在此基础上，章太炎提出了以人力“革天”的思想，强调革命对于社会进化的推动作用。文章还根据进化论思想，论证了人们的主观努力和团结奋斗对于国家、民族御侮图存具有的重要意义。
《菌说》批评了的中一些宗教观点，认为
谭嗣同把以太混同于佛教的“性海”是错误的，因为以太“即传光气”，是有形的物质，其实质即是原子，与邈无倪际之“性海”有本质区别。篇中还依据生物进化论，明确地批判了神创论，说：地球上的生物和人类，不是“上帝”创造的，而是自己进化的结果。
《菌说》力图以近代自然科学知识解释自然现象，基本倾向于唯物主义。但它强调万物的进化由决定，也有唯心主义观点。如《菌说》及《儒术真论》两篇文章里，就大量地引用佛教义理来说明或强化自己的观点，据统计，引用的有《宝积》、《圆觉》、《楞严》、《涅槃》诸经和《毗婆沙论》等，引文达十二处之多。说明他已逐渐步入佛学的大门。他说：“推万法穷理尽性，至于本源，则佛教方为决了”，又说：“佛必以空华相喻，庄亦间以死沌为词，斯其实之不如儒者也。”这些都说明，当时章太炎的思想还是真理与谬误并存。