菏泽学院体育系始建于1976年，是山东省高校开办
体育教育专业最早的院系之一。自1976年招收第一届专科生以来，共培养了3000余名体育专业人才。随着学校办学层次的提升和快速发展，体育系现已成为
山东省重要体育人才培养基地之一。
2002年经
山东省教育厅批准增设武术与民族传统体育专业(专科)，同年招收三、二连读武术与民族传统体育专业专科生。2004年学校建院升本，于2005年开始招收
体育教育专业本科生。在三、二连读武术与民族传统体育专科办学基础上，经过几年的筹备，于2006年武术与民族传统体育专业（
普招）开始招生，经
国家体育总局批准，2007年又增设武术与民族传统体育专业单独招生并于同年实施。体育系现有体育教育和武术与民族传统体育两个本科专业，在校生685人。
体育系师资队伍现有72人，其中专任教师66人，其中教授4人，副教授26人，28人获得硕士学位，18人为研究生学历，在读硕士9人，山东省教学名师1人，校级教学名师4人，中青年学术骨干1人，学科带头人2人，师德标兵2人，学生心目中十佳教师2人。亚足联B级教练员1人，高级教练员2人，篮、排、足、武术等一级以上裁判员12人，一级社区体育指导员和一级健美操指导员10人。
体育系现设有3个专业教研室和1个公共体育教研室：体育人文与人体科学、体育教育与训练、武术与民族传统体育和公共体育教研室。建有
运动解剖学实验室、运动生理学实验室、运动保健学实验室、大学生体质健康测试中心；正在筹建运动生物力学实验室、运动心理学实验室、运动生物化学实验室，实验仪器设备总值达720余万元。一个100平米藏书5000余册（含报刊、杂志）的专业图书资料室。
自2004年升本以来，经过几年的建设，现拥有田径场4个（含塑胶标准场地1个，煤渣场地3个，内含标准足球场2个），室外篮球场地31个，排球场地24个，室外体操场地3处，室外乒乓球台30付，室外羽毛球场地26个，塑胶标准网球场2个，室外力量训练设施一套；建筑面积为9691.95平方米的体育馆1座，设有容纳近1200名观众的比赛馆、球类训练馆、体操馆、健美操馆、武术套路馆（两处）、散打馆、摔柔馆和多功能训练馆，3800平方米的风雨操场1座（内含篮排球、羽毛球和乒乓球等场地），3600平方米的游泳馆1座。学校二期工程正在建设标准塑胶田径场1个(内含标准足球场1个)。
以社会需求为先导，狠抓教育质量，着力培养学生的创新精神和实践能力，增强学生的适应能力和社会竞争力，以
体育教育专业为基础，以武术与民族传统体育专业为特色，把体育系办成“办学有特色、省内有地位、国内有影响”特色鲜明的应用型体育高级人才培养基地，为区域经济和社会发展做出贡献。
以区域经济社会需求和就业为导向，突出应用型人才培养，积极开展“校校”、“校地”与“校企”合作教育，培养有现代教育观念、良好职业道德、高素质、有特色，具有创新精神、创业能力和社会责任感的应用型高级专门人才。