菏泽学院图书馆创办于1949年，它的前身是山东省菏泽第一师范学校图书馆，1958年改为菏泽师范专科学校图书馆，2004年改为现名。菏泽学院图书馆是菏泽市最大的图书馆，由北校区图书馆和西校区图书分馆及20个系资料室组成。图书馆下设办公室、采编部、流通部、阅览部、计算机信息服务部五个部室和西校区图书分馆，现有工作人员57名。
图书馆两个校区建筑面积共计26700平方米，拥有图书资料215万册（其中纸质图书135万册，电子图书80多万种），图书内容涵盖了文、史、经、法、管、教育、理、工、农等九大学科门类，其中包括《四库全书》、《
续修四库全书》、《
古今图书集成》、《四部丛刊》、《万有文库》、英文版《化学文摘》、《申报》等重要典籍。每年订购各类中外文报刊1万余种，其中纸质报刊近3000种，
电子报刊7000余种。馆内还拥有包括超星电子图书、同方知网中文期刊全文数据库、万方科技子系统、万方中国学位论文、
人大报刊复印资料全文数据库和Springer Link外文数据库等在内的丰富的电子文献。
北校区图书馆设有11个书库，分别是：基本书库、自然科学图书借阅室、社会科学第一图书借阅室、社会科学第二图书借阅室、文学艺术图书借阅室、外文综合类图书借阅室、特藏书库、报库、菏泽地方文献库和西校区2个图书借阅室；设有6个阅览室，分别是：第一图书阅览室、第二图书阅览室、现刊阅览室、过刊阅览室、电子阅览室和西校区学生阅览室，另设三个自修室供学生课外自学。馆内图书借阅室和阅览室均实行藏、借、阅一体化管理，图书借阅室周一至周日每天八小时对读者开放，全部实行开架借阅；现刊阅览室、电子阅览室全周全天开放，每天开放13个小时，周开放时间达90小时以上；网上电子资源24小时对读者开放。馆内共设阅览座位3404个，电子阅览室内设微机200台，配备3台专用服务器，图书管理系统采用江苏汇文文献管理系统进行全面管理。
西校区分馆设两个书库一个阅览室，共有藏书13万册、期刊近400种，阅览座位300余个，书库周一至周五每天八小时对读者开放；阅览室周一至周日全天为读者提供阅览服务，周开放时间达90个小时。
图书馆坚持“读者第一，服务至上”的办馆宗旨，开展文献流通、阅览、参考咨询、信息检索、读者教育、文献复制及文献传递等项服务，为学校教学科研、人才培养和学科建设等提供了有力的文献资源保障。