菏泽市中级人民法院始源于新中国成立以前。1948年9月，人民解放军解放菏泽城，现菏泽地区辖区分属冀鲁豫区行署第二、五行政督察专员公署管辖。第二、五行政督察专员公署及各县政府设立司法科，从事司法工作,属冀鲁豫人民法院辖区。1949年8月，平原省建立，同年9月，设立平原省人民法院菏泽分院，从事现菏泽辖区内的人民司法工作，是为起源。2001年2月，菏泽撤“地”设“市”，菏泽地区中级人民法院改称菏泽市中级人民法院。菏泽市中级人民法院历时60余载，历任9位院长，几次分合，几易名称，几经撤建，创业之艰，守业之难，尽在其中。目前，菏泽中院辖牡丹区、曹县、定陶、成武、单县、巨野、郓城、鄄城、东明8县1区和经济开发区法院，共10个基层法院,47处人民法庭。菏泽市中级人民法院全院有人员213人，本科以上学历占总人数的91.1%，其中博士在读1人，硕士53人。

菏泽市位于山东西南部,与江苏、河南、安徽三省接壤,辖牡丹区、曹县、定陶、成武、单县、巨野、郓城、鄄城、东明八县一区和一个省级经济开发区,人口960万,面积12239平方公里,是我国著名的牡丹之乡、戏曲之乡、武术之乡和书画之乡。

菏泽市中级人民法院始源于新中国成立以前。1948年9月，人民解放军解放菏泽城，现菏泽地区辖区分属冀鲁豫区行署第二、五行政督察专员公署管辖。第二、五行政督察专员公署及各县政府设立司法科，从事司法工作,属冀鲁豫人民法院辖区。1949年8月，平原省建立，同年9月，设立平原省人民法院菏泽分院，由包括院长、副院长在内的6人组成，辖菏泽、东明、曹县、郓城、定陶、鄄城、梁山、南旺八县，同时设立平原省人民法院湖西分院，辖单县、巨野、复程、金乡、嘉祥、鱼台七县，从事现菏泽辖区内的人民司法工作，是为起源。

1950年1月，为紧缩全省编制，平原省人民法院湖西分院并归菏泽分院。1951年4月，平原省人民政府决定恢复菏泽、湖西建制，菏泽分院与湖西分院分设。1952年11月，中央决定撤销平原省建制，菏泽、湖西两个专区划归山东省，平原省人民法院菏泽分院改称山东省人民法院菏泽分院。1953年7月，湖西专区撤销，原平原省人民法院湖西分院所辖单县、巨野、成武、复程四个县法院转归山东省人民法院菏泽分院管辖。1955年4月，山东省人民法院菏泽分院改称山东省菏泽地区中级人民法院。1958年11月，菏泽、济宁两个专区合并为济宁专署，菏泽地区中级人民法院建制被撤销。1959年6月，菏泽专区恢复，菏泽地区中级人民法院随之恢复。1966年9月至1968年2月，菏泽地区各级人民法院受“文化大革命”影响，由内部群众掌权，停止正常工作。1968年2月，菏泽“公检法”实行“军管”，成立地区公安机关军事管制委员会，全区各级人民法院实际被取消。1973年4月，菏泽地区公安机关军事管制委员会撤销，菏泽地区中级人民法院恢复办公，同时设立党的核心小组。1977年10月，菏泽地区中级人民法院党的核心小组改为党组。1984年，菏泽地区中级人民法院院长职级配备由正处级升格为副厅级。2001年2月，菏泽撤“地”设“市”，菏泽地区中级人民法院改称菏泽市中级人民法院。时至今日，菏泽市中级人民法院历时60余载，历任9位院长，几次分合，几易名称，几经撤建，创业之艰，守业之难，尽在其中。目前，菏泽中院辖牡丹区、曹县、定陶、成武、单县、巨野、郓城、鄄城、东明8县1区和经济开发区法院，共10个基层法院,47处人民法庭。全市法院现有在职法官干警1513人，本科以上占88.9%，其中，菏泽中院在职法官干警219人，均为本科及以上学历，内设机构33个。近年来，年均审判执行案件4万多件，有力维护了社会稳定，保障了经济发展，促进了社会和谐。

艰苦卓绝，奋勇向前，一代代菏泽法院人在历届党组织的坚强领导下，不畏艰辛，无私奉献，用青春和汗水在菏泽这片热土上树立了一座座不朽的丰碑，为菏泽法院事业的全面、健康、可持续发展做出了不可磨灭的贡献。

雄关漫道真如铁，而今迈步从头越。2010年新一届菏泽中院党组承载着菏泽两级法院60余载坎坷光辉的历史，秉承“勤奋、务实、创新、卓越”的工作精神，深入开展“法院管理年”、“文化建设年”、“职业道德建设年”、“制度落实年”活动，大力加强审判执行工作和自身建设，各项工作一年一个新台阶，特别是在审判管理、文化建设、职业道德建设、司法公开和信息化建设等方面取得了显著成绩，曾受到最高法院、省法院、市委和市人大领导的多次批示和肯定。近三年来，全市法院涌现出大批先进集体和个人，有168个集体和325名法官受到市级以上表彰。菏泽中院被授予全国公共机构节能示范单位、全省“双百”先锋基层党组织、省级精神文明单位、全省司法公开示范法院等称号。单县法院被授予“全国先进基层党组织”、“全国优秀法院”、“全国法院文化建设示范单位”等称号。中院王学忠同志曾获得“全国政法系统优秀党员干警”称号，牡丹区法院郭萍同志曾获得“全国优秀法官”称号等等。前赴后继的菏泽法院人，正用实际行动，续写着菏泽人民法院事业的新篇章！

菏泽中院共有内设机构31个（据编办发文），分别为：办公室、政治部、政治部组织人事处、政治部法官管理处、政治部教育培训处、立案第一庭、立案第二庭、刑事审判第一庭、刑事审判第二庭、刑事审判第三庭、少年审判庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、民事审判第三庭、商事审判第一庭、商事审判第二庭、行政审判庭、审判监督庭、审判监督第二庭、执行局、执行一庭、执行二庭、技术室、研究室、审判委员会办公室、法警支队、行政装备管理处、离退休干部处、机关党委、（纪检组）监察室、信息通信处。事业单位3个，分别为：菏泽市法官培训学院、菏泽市司法鉴定中心、菏泽市中级人民法院机关服务中心。

院长：孙淑芳

副院长：鲁晓勇

近年来，菏泽中院荣立集体三等功1个次，个人一等功1人次，个人二等功30人次：荣获“2013年度市人大代表建议、批评和意见办理工作先进单位”、 菏泽市“优秀妇女维权岗”、 “思想政治工作先进单位”、“全市职工书屋示范点”、 “全市档案宣传工作先进集体”、“2011年度全市精神文明建设工作先进集体” “平安菏泽建设先进单位”“全市普法依法治理工作先进单位”等称号。2011年被中共山东省委评为“双百先锋基层党组织”，2008——2010年先后被省委政法委、省高院评为“全省法院北京奥运会、残奥会期间涉诉信访工作先进集体”、“全省社会主义法治理念教育作风建设年活动先进集体”、“全省法院思想宣传工作优秀单位”、“全省集中清理执行积案活动先进集体”。2013年被中华全国妇女联合会、全国维护妇女儿童权益暨平安家庭创建协调组评为“全国维护妇女儿童权益先进集体”、2014年被国家机关事务管理局、国家发展和改革委员会、财政部联合确定为“全国公共机构节能示范单位”。

2020年1月，最高人民法院授予菏泽市中级人民法院审判监督二庭“全国法院先进集体”称号。

2021年，入选人民法院基层党组织组织力提升工程优秀组织奖获奖名单。