菏泽市曹州足球俱乐部由菏泽市足球学校、菏泽市曹州武术学校参与组建，2019年1月俱乐部筹备时的名称还是“菏泽牡丹FC”，2019年2月14日工商注册成立菏泽市曹州足球俱乐部。
2019年2月14日，菏泽市曹州足球俱乐部在工商部门注册成立。在收购
潍坊市绝小鸭足球俱乐部资格后，先后参加2019年中国足协杯和
中国足球协会会员协会冠军联赛，最终放弃替补中国足球协会乙级联赛资格。
2024年，菏泽市曹州足球俱乐部与北京体育大学共建足球队，球员以北京体育大学部分校队成员与菏泽曹州武术学校（曹州俱乐部）部分梯队成员构成，以“菏泽曹州北体大”之名参加中国足球协会会员协会冠军联赛及中国足球协会五人制足球甲级联赛。